一來國之大事，在祀與戎，用兵的決斷，是需要專業和經驗的，二來就是兵柄對於人君來說，是極為重大的事情，一旦太阿倒持，對於皇帝來說是極為要命的事情，這種人倫慘劇對於皇室來說是極為不利的，雖然朱載坖父子之間不存在這個問題，但是對於後世之君來說，未必父子關係會這些融洽，所以朱載坖現在也隻是回複了太子、太孫的幼軍，但是對於兵權，朱載坖一直還是看的比較死的。
再加上太子對於用兵，本身也不是很積極的態度，所以在這個問題上父子兩人還是有一定的默契的，不過這次朱載坖還是要鍛煉太子的軍事的，西域的戰事自然是不要太子操心，朱載坖主要擔心的就是改土歸流，之前朱載坖對於廣西、貴州等地的土司進行了大規模的打擊，也實現了部分的改土歸流，但是在湖南、四川、雲南等地，還是廣泛的存在土司製度，朱載坖認為，是時候開展新一輪的改土歸流了。
朱載坖認為，對於滇、黔、桂、川、湘、鄂六省實行的廢除土司製度，設立流官治理，對於朱載坖的這個想法，朱翊釴其實還是有一定的準備的，朱載坖早就對於土司製度有所不滿了，這次隻不過是要大舉實施罷了，不過朱翊釴對於朱載坖一下子在六省實施改土歸流，動作還是有些大了。
但是朱載坖不是這麼看的，朱載坖認為這些土司世代為官，獨霸一方，更有一些土司專橫不法，對境內人民實行政治壓迫和經濟掠奪，土司之間為爭權奪利挑起械鬥或戰爭，導致生靈塗炭，對朝廷也叛服無常。現在朝廷力量也相對強大，所以趁此機會，大規模的推動改土歸流，永絕後患，正當其時。
而且這也是對於朱翊釴能力的一次大考，因為實施改土歸流，不僅僅是軍事手段，是各各種治理措施綜合實施的，對於朱翊釴的行政和軍事能力就是一次大考，隻要朱翊釴能夠將此事解決了，這也就說明朱翊釴已經是一個合格的儲君了，已經具備了相關的能力，能夠領導大明繼續走下去的。
當然這樣重大的事情，朱載坖不可能完全放任朱翊釴是做的，事實上這麼多年以來，朱載坖一直在為改土歸流創造條件，除了對於叛亂土司痛加征繳，樹立朝廷在這些土司地區的威信，同時對於這些土司地區，采取溫和手段加以教化，在采取駐軍、屯兵、修邊、築卡等強硬軍事措施的同時，大力推動土司地區的“儒化”，其中主要包括通過設置官學、書院、義學等構建儒家教育體係、給與少數民族士子資助及科舉名額優惠、重視對先儒先賢的祭祀、頒令禁止土司地區諸多宗教祭祀活動及風俗習慣、推行三綱五常及忠孝節義觀念等等途徑。
通過這些舉動，在潛意識當中進行潛移默化的推動，同時對於改土歸流的總方針，朱載坖也做了規定，就是：改流之法，計擒為上策，兵剿為下策，令其投獻為上策，敕令投獻為下策。對於這些土司和上層人物，也要有針對性的進行安置，或被革除土職後遣送外地安置，或被降為佐貳後留居當地。
要在改土歸流地區清查戶口，丈量土地，征收賦稅，建城池，設學校；同時廢除原來土司的賦役製度，與內地一樣，按地畝征稅，數額一般少於內地，對於這些地方予以傾斜。
在廢除土司世襲製度時，對土司本人，根據他們的態度給以不同的處理。對自動交印者，酌加賞賜，或予世職，或給現任武職。對抗拒者加以懲處，沒收財產，並將其遷徙到上述六省以外的省份，另給田房安排生活。在設立府縣的同時，添設軍事機構，加強朝廷在這些地方的威懾力。
總之就是剿撫並用，正奇兼舉，至於臨機決斷，那就是太子的事情了，什麼時候應該用兵進剿，什麼該予以招撫，這些事情就是太子的活了，朱載坖對於此事不予乾預，不管是內閣還是軍機處，一應大權，全部交給太子處理，朱載坖隻是明發詔書，要求這六省督撫對於改土歸流可以上疏直言，同時也在詔書中明確說明由太子負責此事，皇太孫與聞。
對於皇太孫，由於他現在年紀還是尚小，所以朱載坖用的是與聞政務，也就是在文華殿旁觀太子處理政務，召見重臣等事情，學習太子處理政務的方式方法，同時皇太孫也經常居住在西苑，除了講官們之外，朱載坖也會親自向皇太孫傳授相關的經驗。
而朱載坖本人則是關注和北虜、西域的相關事務，以及大明的財政、軍費、基礎設施建設等事項，而且現在朱載坖已經有了一些空餘時間，對於軍器監和格物院、文思院的相關研究工作，朱載坖也關注的更多了，鋼鐵是一切工業的基礎，而煤炭則是工業的糧食，對於煤炭的利用是很重要的事情，朱載坖認為煉焦所產生的各種副產品，要仔細研究他們的用途。
除此之外，就是軍器的發展了，這點對於朱載坖來說是最為重要的，現在官軍所裝備的燧發火銃，確實對西夷所用火繩槍有一定的技術優勢，但是這種技術優勢是非常之小的，自從燧發機出現之後，雖然解決了點火的便捷性，但是其原理依然還是火繩槍時代的點燃外露的引燃藥方案，依然會涉及到潮濕天氣或者是下雨等惡略天氣下無法使用的問題。
要想徹底在科技尤其是軍事科技上占據優勢的話，還是要依賴於化學和機械加工的發展，對於朱載坖來說，現在大明也掌握了後膛火器的設計原理，要是能夠有定裝彈藥的話，大明就能夠在軍事科技上占據極大的優勢，所以朱載坖對於此事還是十分之清楚的。
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