朱載坖將王家屏送走之後，開始和朱翊釴商量有關部院堂官的調整事宜，不過部院就可以逐步進行調整了，不必過於心急，這點朱載坖還是很清楚的，同時也要看看內閣在調整之中的運作情況，這點也是很重要的。
沈鯉現在還沒有入閣，朱載坖也需要觀察沈鯉入閣之後對於內閣決策的影響，能否達到朱載坖平衡朝廷的需求，現在朝廷上的各方政治勢力也開始蠢蠢欲動起來了，這點不足為奇，從申時行擔任首輔以來，雖然尚且能夠保證相對的公平，但是在官員的任用和政策的實施上，申時行不可避免的是偏向於鄉黨的。
同時由於申時行自己出身於商賈之家，在政策上和張四維有一定的繼承性，就是重視發展商業，同時征收商稅，強調商人在國家賦稅當中的重要作用，這些政策在朝廷內部還是有一些反對的聲音的，同時在具體的政策上，申時行積極扶持蘇鬆等地的紡織業，準備將紡織業變成大明重要的出口產業。
這自然遭到了江西、兩廣、浙江、福建等地的反對，因為他們都有自己的特色行業，這些行業也在當地也都是非常重要的，他們對於申時行這種支持蘇鬆的紡織工業和鬆江的港口的行為自然是極為不滿的，尤其是兩廣，他們認為廣州港在和南洋諸國的貿易中更加重要，朝廷要支持兩廣的各種工業的發展，各地的官員也當然都想為自己爭取，這點是很正常的。
在朝廷的萬眾矚目之下，沈鯉從南京回到京師，入閣辦事，沈鯉自然是很低調的回來入閣辦事的，內閣還是能夠維持表麵的平靜，但是真實情況如何，還尚未可知，申時行等人和王家屏他們都是看沈鯉入閣辦事之後的行為，再決定下一步的行止。
而沈鯉在入閣之後，確實是第一時間就給朱載坖整了一個大活，沈鯉向朱載坖上了一道奏疏，名為請速決西事以安國家以培元氣疏，看名字就知道沈鯉奏疏的內容了，沈鯉在奏疏中認為，朝廷在西域的征戰，已經數年之久了，朝廷每年花費的銀錢以千萬計，西北數省的輪輸轉運到現在不能停止，還要從河南等地調撥糧秣，半個大明因此不能休息，所以沈鯉請求朱載坖迅速了結西域戰事，休養生息。
沈鯉的奏疏一上之後，很多官員都上疏附和，他們對於朱載坖對西域的經略早就有所不滿的，但是之前沒有重臣敢於上疏討論此事，因為重臣們都很清楚，經略西域是朱載坖謀劃已久，親自實施的事情，在這個事情上去勸諫，朱載坖必然不會聽從，反而會招致朱載坖的反感，朱載坖現在積威甚重，群臣是不敢輕易諫阻的，但是沈鯉上來的第一槍就對準了此事，根本不在乎朱載坖的感受。
對於沈鯉的奏疏，朱載坖直接予以留中，其他官員的上疏也一概予以留中不發，不予理睬，朱載坖想要看看，這些官員們對能夠說出些什麼來，麵對朱載坖的這個態度，官員也繼續上疏，申時行等輔臣也通過密疏的形式向朱載坖上疏勸諫此事，他們認為，群臣並非反對朝廷經略西域，但是朱載坖始終沒有說明朝廷經略西域的範圍是多大。
雖然朱載坖也提出了相應的口號，也就是所謂的念舊民塗炭之苦，複中國往昔之疆，但是這個往昔之疆的範圍有多大，確實是沒有一個具體的說法，申時行等閣臣們認為，應該給這個往昔之疆劃定一個界限，作為朝廷經略西域的重點，朝廷不可能無限製向西域投入資源，朝廷的財政也確實是無法支應，所以申時行等人請求朱載坖為此事劃定界限，這樣朝廷也就不再就此事加以爭論了。
朱載坖認為也確實是應該就此事予以討論一下了，將西域的事情定個調，所以朱載坖命令召開國務會議，之前由軍機處參謀軍務總署從國防地理的角度準備相關的資料，解釋朝廷經略西域的重要意圖。
在一應事情準備完畢之後，朱載坖在無逸殿召集相關的重臣們一道商量西域的事情，內閣輔臣、軍機大臣、各部院以及軍機處各總署等衙門的堂官和六科都給事中等全部到齊，朱載坖首先命令軍機大臣提督參謀軍務總署李如鬆介紹西域的相關情況和朝廷現在在西域的對手。
西域的國防地理，主要還是以天山為重點，朝廷現階段主意是以控製天山為主要的目的，天山以北，朝廷主要的對手就是衛拉特蒙古，現在官軍已經能夠製服蒙古人了，同時朝廷也在通過外交手段加以控製，對於西域北部來說，朝廷還是已經有了相對強勢的控製，未來主要就是加強科布多等地的控製，將衛拉特部徹底控製住。
整個西域，在地理上呈現“三山夾兩盆”的特征，西域最北部為阿爾泰山，中部為天山，最南部為昆侖山係。阿爾泰山和天山之間為準噶爾盆地，天山和昆侖山係之間為塔裡木盆地。西域北部占據歐亞大陸的中心，為亞寒溫帶的大陸性區域。在水平地理帶上，相當於中亞荒漠帶，長而寒冷的冬天，西域北部要以準噶爾盆地為中心，東北為阿爾泰山係，西北為準噶爾界山，南為天山，向東逐漸過渡向蒙古高原。
這裡一向是各遊牧民族的起家發源之地，也是朝廷要重點控製的地方，漢代屬匈奴右部和烏孫，後鮮卑、柔然、突厥等民族相繼在此遊牧。唐代設北庭都護府，元代設彆失八裡行省，都說明了此地的重要性，所以朝廷要以輪台府為中心，加強對於整個西域北部的控製，同時就是對於這些少數民族加以控製，嚴防其日後為大明之禍患，這點是非常之重要的。
如果說西域北部是為了防北虜的話，西域南部則是要禦外寇了。
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