對於申時行的舉薦，王錫爵等一乾重臣也都表示支持，石昆玉在隆慶二十四年由戶部郎中出任蘇州府知府。“按治豪橫，剖析獄訟，輿論翕服。”在蘇州府嚴厲打擊這些當地的豪強，搞得申時行、王錫爵的家人都被石昆玉所懲治，十二他們兩人都極為狼狽，但是朱載坖反而非常欣賞這樣的強項令，多次予以保全。
同時，原戶部尚書王國光在致仕之前也向朱載坖著重推薦了石昆玉，對於他王國光等重臣還是很看好的，朱載坖也認為他還是很不錯的，所以申時行一直不敢動石昆玉，但是現在這個機會，申時行自然是舉薦石昆玉，將他以重用的名義高升調走，這是最好的方案了，朱載坖當然也知道申時行的想法，不過現在確實是需要一個強項令去廣東處理此事。
朱載坖想了一會之後就說道：“加石昆玉右副都禦史兼南京兵部右侍郎巡撫廣東兼理海關、市舶、糧儲等事，給王命旗牌。”
這是一般巡撫所沒有的權力，大明的巡撫一般的差遣就是巡撫某處兼理糧餉等事，沿邊的巡撫由於要承擔邊防事務，所以照例會給王命旗牌用以在戰事節製沿邊官軍，但是海關等一向都是朝廷直屬，地方不能插手的，這次朱載坖破例給石昆玉加兼理海關、市舶等事，就是要他負責處理廣東的這些大海商們。
由於閩粵地方宗族勢力比較強大，所以朱載坖還給石昆玉以王命旗牌，準許他調動官軍，以保證各種政策的順利實施，同時朱載坖還將下一任蘇州知府的給定了下來，朱載坖調原江西道掌道禦史李汝華為蘇州知府，朱載坖之所以用李汝華為蘇州知府，就是因為李汝華練達勤敏，立朝無黨阿，在江西道掌道禦史任上，揭發懲處了一乾貪官汙吏，這點是朱載坖很看重的。
同時之前石昆玉還向朱載坖推薦過蘇州推官袁可立，朱載坖認為這也是個很不錯的人才，之前由於石昆玉懲辦了申時行的親戚，申閣老對於此事自然是極為惱火的，所以申時行授意應天巡撫李淶收拾石昆玉，李淶以石昆玉擅自直取府庫銀兩為由準備收拾石昆玉，但是查來查去不但沒能抓到石昆玉的把柄，反而引來了科道和一些致仕重臣的關注。
連致仕回鄉的原戶部尚書、顧問谘詢大臣王國光也以密疏向朱載坖為石昆玉辯誣，科道官員也紛紛彈劾申時行，認為就是申時行授意應天巡撫構陷石昆玉的，而經左都禦史溫純推薦，朱載坖當時點用時任蘇州推官的袁可立就近查察此案，說實話，這個壓力還是很大的。
朱載坖的態度未明，申時行等人是擺明了準備收拾石昆玉的，而且應天巡撫李淶也暗示袁可立按照上級的命令將此案了解，這可是當朝首輔的意思，要知道彼時的袁可立不過是個剛剛中進士的推官罷了，麵對巡撫和他背後的首輔，是極為無力的，但是袁可立當即說道：“吾自任之！吾奈何以上台故誣賢太守？”
袁可立將自己的調查結論上陳朱載坖，認為所謂石昆玉擅自支用府庫錢糧一事顯係構陷，子虛烏有，這下群情激憤，南直道掌道禦史李用中公開上章指斥申時行和李淶相互串通挾私報複。申時行也不得不向朱載坖上疏稱：“臣何能私臣家人申炳？若撫臣李淶之參石昆玉以錢糧，而臣之行勘昆玉正以顯明其心跡。”
一個當朝首輔和一個應天巡撫聯手對付一個小小知府，如果這個知府不是一個十足的清官，那就難免不被這種力度很大的選擇性反腐給抓到一點點小把柄，就將陷入萬劫不複的十八層地獄。而這不知天高地厚的初生之犢小小推官袁可立膽敢昭雪此案可謂是在太歲頭上動土，不畏強權也算古今一大奇觀，很多科道官員都對袁可立極為佩服，但是之後袁可立考選禦史，卻被無故刷掉，其中的緣由，自然不必多言了。
迫於科道和朱載坖的壓力，申時行隻能放棄李淶，袁可立可謂是一戰揚名，連朱載坖也對他極為讚賞，朱載坖這次也想到了他，朱載坖對申時行說道：“朕看原蘇州推官袁可立頗為骨鯁，可堪大用，擢廣東道掌道禦史兼巡按廣東。”
之前袁可立參加科道考選，由於某種不可言說的力量，被刷掉了，但是這次朱載坖特旨擢用，即便是申時行也不敢說什麼，現在兩廣、福建等處的海商勢力做大，抗拒朝廷，朱載坖所以用石昆玉、袁可立等一乾少壯派臣子，前往處置此事，同時朱載坖也要求朝廷想方設法的推行各種票據。
首先就是在鹽政當中要推行使用各種票據，鹽商購買食鹽，一千元以上的，都要先道銀行購買彙票，然後再繳納到鹽政衙門處購買鹽引和繳納鹽稅，同時朝廷支付商人們各種費用，一千元以上的，也必須全部使用銀行票據，當然，行政強製固然是一方麵，重要的就是要建立起朝廷銀行票據的信用來，這點是最為重要的。
朱載坖要求各地的銀行必須按時足額兌付朝廷所發放的這些票據，這樣才能夠保證朝廷所發放的票據有信用可言，同時通過這種方式將朝廷所發行的這些票據予以收回，這點是極為重要的，不但有放，還必須有收，當年的大明寶鈔為什麼最終破產，除了無法兌換相應的貨幣之外，最重要的問題就是朝廷隻管向市場上投放寶鈔，而根本不管回收的事情，必須建立起相關的回收製度，才能夠保證這些票據的流通和可靠。
在安排好了這些事情之後，朱載坖讓輔臣們先回去處理政務，留下太子，朱載坖問道：“為政可易？”
太子不由得長歎一聲說道：“為政難矣！”
聽了太子的話，朱載坖並沒有絲毫的奇怪。
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