對於大明來說，現在要做的就是保證大明的經濟正常運行，對於朝廷來說是極為重要的，所以朱翊釴對於大明朝廷的經濟體係進行整頓，另外一個重要的問題就是解決大明的錢荒問題，雖然現在大明和佛郎機暫時達成了協議，但是無論是朱載坖還是重臣們都是很清楚的，大明和佛郎機的這種良好關係顯然是不可能長期持續下去的，所以大明要利用這個難得的窗口機會加強大明的經濟體製，同時加強朝廷對於經濟的控製。
這點是極為重要的，現在大明的經濟過度依賴外來的金銀，這點是極為要命的,朱載坖對於此事還是十分之清楚的，在太子的領導下，朝廷開始在外貿和國內的大宗貿易中推廣各種票據，主要是支票和彙票，大明朝廷下轄各銀行的本票主要是用於朝廷和這些民間的錢莊、票號之間的彙兌的。
但是在朝廷推行這些貿易票據的過程中實施的並不順暢，不少的商人不願使用這些票據，他們主要是擔心朝廷的信用問題，大明朝廷在這點上確實是一直都不怎麼樣，但是這隻是其中的一個方麵，更大的問題是這些錢莊、票號想要朝廷將發行彙票等的權力下放給民間，這點是朱載坖所決不允許的，朱載坖不能容忍這些金融資本過於膨脹，對於他們的這些要求，朱載坖認為不能答應。
這就導致朝廷的各種票據現在在推行過程中是比較困難的，這點朱載坖也是很清楚的，因為這些商人們，尤其是這些經營錢莊票號的商人，自然是想借機擴大的自己的經營範圍，但是朱載坖始終將鑄幣權和相關的金融權力死死的抓在手中，朱載坖認為這些權力是不能夠放棄的，這點朱載坖還是很清楚的。
但是現在的問題就是這些商人抵製朝廷所發行的各種票據，同時在貿易中仍舊使用相關的貨幣，這樣的話，對於朝廷的政令采取軟抵觸的辦法，朱載坖當然是不能坐視這種情況的發生了，朱載坖和太子也在商量應該怎麼處理這些人。
要是按照朱載坖之前的做法，早就掀起大獄收拾他們了，但是現在大明需要安定，同時事關經濟大事，即便朱載坖是皇帝，也不能夠率性而為，而且此事是太子在主導的，太子一向不太主張使用暴力手段，這點是父子兩人最大的區彆的，但是眼下他們和朝廷搞軟對抗，朱載坖認為必須要乾預的。
所以這次朱載坖將太子和重臣們召集到一起，還是為了商量此事，朱載坖說道：“現在彼輩看來是實力不小啊，連太子令旨都敢陽奉陰違了？如不重懲，何以為政？”
對於他們的這些態度，朱載坖其實是有些預見的，雖然朱載坖一直在幫助太子樹立威望，在朝廷中太子現在已經有了相當的威望了，但是在民間，尤其是這些商人眼中，太子確實是沒有什麼威望，因為太子不像朱載坖，殺伐果斷，朱載坖即位以來，不管是對於鹽商還是蘇鬆等東南商人還有兩廣商人，朱載坖都進行過嚴厲的打擊，對於他們來說，朱載坖這些皇帝還是有很殺傷力的，但是太子的令旨對於他們來說威力似乎就有些不足的，尤其是太子並沒有表現出有什麼喊打喊殺的舉動，使得他們認為太子的這些令旨是可以陽奉陰違的。
他們中也不是沒有聰明人，他們自然很清楚朱載坖一直在扶持太子的威信，太子在朝廷中的份量也是一直在增強的，但是和朱載坖比較嚴酷的執政風格相比，太子要相對溫和許多，這也給他們的一種錯覺，就是太子在處理這些問題上是不怎麼嚴厲的，所以他們這次才膽敢陽奉陰違。
而且和之前主要是蘇鬆等地的商人鬨事不同，這次挑頭的主要的閩粵等地的商人，因為他們經營海上貿易，現在資本雄厚，同時和蘇鬆的商人已經多次被朱載坖打擊之後，對於朝廷還是有相當的畏懼不同，這些閩粵商人本身就是海商出身，他們之間都敢冒著朝廷的禁令出海貿易，對於朝廷的態度本就沒有那麼敬畏，同時在骨子裡對於朝廷也是不信任的。
現在朝廷要求在大宗貿易中使用朝廷銀行所發行的票據，以取代之前的直接貨幣交易，這對於他們來說顯然是極為抵觸的，一來使用票據之後，逃稅就顯然要麻煩很多，二來就是他們對於朝廷還是不信任的，雖然朝廷承諾這些票據可以兌換相應的貨幣，但是自己要將白花花的銀錢存入朝廷的銀行之中來換取票據，這對於這些豪商來說自然是不乾的。
他們認為朝廷對於經濟的管束和控製過於嚴厲，禁榷過多，才是現在大明貿易所麵臨的最大問題，由於朝廷掌握了重要物資的專賣權，使得在這些可以穩定獲得高利潤的行業裡隻有少數跟官府有關的官商。多數的民間資本很難擠進獲利。而官商的經營卻又和政治的局勢緊密相關，朝堂上鬥爭的結果直接決定商人的錢途。所以就連這一小部分的官商，也不肯持續擴大生產投入。而寧可利用民間放貸這種簡便快捷的資金增值的辦法。
他們也擔心出現人亡政息的局麵，一旦太子或者是主持此事官員去任，這些政策能否繼續實施下去，就很成問題了，這點朱載坖認為確實是有道理的，但是這並不是他們對抗朝廷政策的理由，朱載坖認為還是要派遣能臣趕赴閩浙處理此事。
申時行當即推薦現任蘇州知府石昆玉，認為他剛直不阿，當然朱載坖其實是很清楚的，申時行對於石昆玉是極為頭疼的，石昆玉以廉直著稱，因依法按治宰輔申時行內親吳之禎而得罪申時行，之前申時行本想收拾一下他的，但是朱載坖卻對石昆玉很欣賞，特旨加右僉都禦史仍知蘇州府，申時行這次正好借這個機會將石昆玉弄走。
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