朱載坖的上諭明發之後，在朝廷當即引起了極大的波瀾，對於朱載坖的這個辦法，朝廷上下議論紛紛，部院顯然是比較支持的，使用庭寄之後，對於內閣的行政權力其實還是有所限製的，之前內閣輔臣們頻繁的使用私函之前乾涉地方行政，實際上是將部院架空，使得部院在相關事務的權力被內閣所侵奪，所以部院重臣們對於這次朱載坖禁止內閣使用私函處理政務是極為讚成的，這樣使得部院的權力得到尊重。
在一般政務上，內閣還是要通過部院來指揮地方督撫和各省直地方官府乾活的，隻有特殊情況才會讓內閣直接通過庭寄的方式指揮地方官府乾活，這點是極為重要的。
當然有人歡喜有人愁，部院高興了，那必然有人是不高興的，不高興的主要有三個衙門，第一自然是內閣了，朱載坖明確禁止內閣以私函處理政務，實際是對內閣輔臣的權力予以限縮，內閣輔臣們再也不能像之前那樣直接以私人信件繞過部院、皇帝直接向地方督撫麵授機宜了，庭寄畢竟是朝廷的正式公文，雖然不經過通政司和六科，但是司禮監文書房是必然要經過的，皇帝是知曉的，這就使得他們在這些方麵的權力受到極大的限製。
另外一個不高興的衙門就是通政司了，通政司是看似不重要但是實則是非常關鍵的衙門，作為掌內外文書章奏的衙門，通政司是朝廷運轉的核心，之前所以的正式公文、奏疏等除了直接進呈皇帝的密疏之後，都要通過通政司，但是現在庭寄往來直接由兵部負責，不經由通政司，這使得通政司的權力和影響力大為受到影響。
而第三就是諸科給事中們了，因為諸科給事中作為近侍監察機構，其重要職能就是掌侍從、規諫、補闕、拾遺、稽察六部百司之事。凡製敕宣行，大事覆奏，小事署而頒之；有失，封還執奏。凡內外所上章疏下，分類抄出，參署付部，駁正其違誤。對於給事中來說，其監察職能主要就是通過對於文書的形式審查實現的，而現在庭寄文書不再公布，這就使得給事中們對於這些文書的監察無效。
所以對於此事的討論還是很激烈的，朝廷上下對於庭寄展開了討論，大家關注的重點就是庭寄的性質，因為作為一種保密文書，他的管理權限是極為重要的，對此最關心的就是給事中們了，因為原本諸科的科抄是給事中們的大權，由給事中將朝廷內外章疏及帝王諭旨進行分類抄錄後形成的文書，具有規範公文流轉程序、統一文件存檔的作用，同時在科抄的過程中，給事中就行使對於內外公文的形式審查職能，各種章奏、上諭、詔書、敕誥等都需經給事中審閱簽署後方可移交相關部門。
而庭寄作為一種保密公文，顯然是不能經過科抄的，庭寄公文的流轉程序主要突出快速和保密兩個特點，由兵部急遞負責，同時由司禮監文書房作為庭寄的收發機關，同時為了嚴格保密，庭寄不能由文書官代筆，隻能由內閣輔臣和軍機大臣等親自草擬密封之後交司禮監文書房發兵部急遞。
這樣就將朝廷的各種公文加以分級分類處理，對於一般的公文，成為明發，仍舊按照通政司、諸科給事中的程序運作，這部分公文主要就是巡幸、上陵、經筵、蠲賑及朝臣侍郎以上，外官總兵、知府以上升降調補等事，地方向朝廷陳奏非緊急公務等事項，內閣輔臣擬票批紅之後，由內閣製誥房文書官擬寫諭旨，經內閣傳抄，交有關部門者，稱為明發，或稱內閣奉上諭。通過給事中複核之後，由通政司明發天下。
而一些機密要務，不便公開的事宜，如誥誡臣下、指示方略、考核政事、責問刑罰失當和地方的緊急事務、軍情等機要文書，為防止泄露，不交通政司而由司禮監文書房直接從兵部接受，轉送內閣或者是軍機處處理，以密揭形式擬票進呈，批紅取旨，然後內閣輔臣或者是軍機大臣根據皇帝批紅親自草擬詔書，送司禮監審核之後密封直接交兵部以急遞形式發出。
同時為了保證庭寄的嚴肅性和保密性，皇帝向內閣輔臣或者是軍機大臣指示機宜後，內閣輔臣或軍機大臣親自獨自承旨撰擬清折進呈，稱為“述旨”，經司禮監轉呈皇帝修改閱定後，再由司禮監文書房密封發出。封函書“辦理軍機處或者是內閣封寄某處某官開拆”或“傳諭某處某官開拆”，並根據事情的緩急，於封函注明驛遞日行裡數，或三、四、五、六百裡不等。
信函封口及年月日處，都加蓋內閣或者是辦理軍機處印，並且加以火漆密封，以防擅自拆閱。然後交兵部郵驛總署遞往。廷寄諭旨遞到以後，隻許受命者本人拆閱，不許彆人代拆。受命大臣領旨以後，須將接到廷寄的時間、承旨寄信者銜名、諭旨的內容以及如何辦理的情況，一一向皇帝複奏明白，以杜濫冒傳旨。
同時在庭寄交辦的事務完成之後，文書房將所有的往來文書整理之後，送給事中審核存檔，但是不許科抄更不許外傳，直接將相應文書存檔備查。這樣保證了給事中在事後的審核權，但是又要保證朝廷庭寄的保密性，同時相應的文書也要存檔備查，這點是極為重要的。
通過建立庭寄製度，保證朝廷機要文書的正常運轉，同時也將各種機要文書的流轉納入朝廷公文機製內，杜絕以私函理政務，內閣可以越過部院直接向地方督撫下達命令，但是必須是有皇帝授權的情況下，同時地方大員也可以將一些事情以庭寄的形式向內閣反映，保證下情上達，這點是極為重要的。
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