這樣的話，皇帝就在內閣和部院權力之爭中處於一個比較有優勢的地位了，同時通過密疏、廠衛和庭寄製度，皇帝和朝廷都擴展的耳目，通過各種渠道來加強朝廷的信息收集能力，這點對於決策的是極為重要的。
而接下來的問題就是庭寄的層級問題的，庭寄本質上還是一種非常規的朝廷文書，對於朝廷來說，庭寄其實是越過了朝廷的原本的行政層級，直接由內閣或者是皇帝越過部院甚至是地方督撫、布按二司直接處理政務，所以朝廷必須控製好庭寄的層級，既要保證朝廷的政令和耳目，也要維護朝廷的行政層級，這點是極為重要的。
所以朱載坖在和內閣商量之後，還是確定了庭寄的對象，在文官方麵，庭寄的對象主要是朝廷重點府的知府和督撫、巡按禦史、戶部等部院的分司、鹽政、海關、稅務等衙門的分司，通過他們了解基層政務的運行和地方情況，同時對於朝廷所實現的各種政策予以調整，同時直接乾預部分的緊要政務。
同時規定有權利用庭寄向內閣反映相關事項的官員，不得濫用庭寄，除非緊急或者是機要之事，一般政務不得通過庭寄送達，違者一律罷黜。同時對於朝廷通過庭寄所安排的事項，一樣要實行考成，而且是由內閣親自負責實施，如果無法完成的，由內閣直接予以題參罷黜，通過這種形式，保證內閣在朝廷行政機構中中樞地位，這點還是非常之重要的。
而在軍務係統，相對就比較簡單的，凡遊擊以上都可以直接向軍機處以庭寄的形式陳奏機要事務，除此之外，憲兵都司作為軍機處的直屬單位，也可以直接向軍機處奏報，在朱載坖之前組建軍機處的動作中，最低調的就是憲兵都指揮使司，其級彆是和各都司抑製，但是其既不受五軍都督府管理，也不受參謀軍務總署等的指揮，而是直接受軍機處和皇帝的指揮。
憲兵都指揮使司其前身是錦衣親軍南鎮撫司，南司主掌錦衣衛內部法紀與軍匠事務，是執行軍紀的軍隊內保單位，所以朱載坖特地將南司從錦衣親軍中獨立出來，成為全麵負責大明官軍內部糾劾和軍紀糾察的專職部隊，而錦衣親軍則成為情報偵緝、搜查和詔獄的負責單位，兩者都有司法權，但是又互相製約互相牽製，防止廠衛權力過於膨脹。
同時將詔獄的辦理權依照祖製歸北鎮撫司，錦衣親軍現在的主要職能就是偵緝和詔獄，但是詔獄的職能僅在北鎮撫司，而非其他的各衛，這是極為重要的，朱載坖還為此事特地下旨：“一應大小獄情,俱要嚴密關防,不許透漏及受人囑托,本都司堂上官亦不許乾預,有故違者,指實奏聞,治以重罪。”
有關詔獄之事，專掌北鎮撫司都指揮僉事或者同知直接對皇帝負責，一應詔獄審斷結果直接向皇帝奏報，而錦衣親軍都指揮使司及都指揮使則負責偵緝事務，主要是針對間諜、叛逆等重案予以偵緝，直接行使逮捕等權利，不受地方檢事禦史或者大理分司等司法機構的乾預。
而憲兵都指揮使司則是負責軍內案件的偵緝和軍法糾劾，也就是說憲兵都指揮使司是可以對錦衣親軍予以偵查，同時負責對於軍內貪墨等不法事的偵查，一經查實之後將人犯送衛尉寺審斷。之前由於憲兵都司和錦衣親軍的淵源，往往在很多事情上憲兵都司無法有效開展工作，但是現在朱載坖下旨保障憲兵都司獨立行使偵查權，尤其是在軍內乾犯軍法案件，一應由憲兵都司予以調查。
而朱載坖現在最關心的就是核實軍籍、軍屯等事項了，憲兵都司和錦衣親軍的配置不同，錦衣親軍僅設立五衛，在各省直一般是以千戶所的形式存在，因為錦衣親軍主要辦理的案件都是逆案等案件，而且錦衣親軍除了公開辦案的校尉、緹騎之外，還有大量的暗探存在，他們是不會在公開自己的身份的，同時這些暗探也一般直接由錦衣親軍都指揮使司管理。
而憲兵都司管理和偵緝的對象主要是官軍，所以其配置要根據官軍的布防而進行配置，在沿邊重鎮，直接設立憲兵衛所，負責對當地的官軍進行糾劾，而在腹裡駐軍較少的省直，則是配置一個千戶所即可，和錦衣親軍基本不承擔軍事任務不同，憲兵都司仍舊要承擔軍事任務，所以員額更大，所裝備的軍器也更加接近官軍，還擁有直屬騎兵等。
朱載坖在隆慶二十七年以開年就大規模推動改革，這是很多官員沒有想到的，因為之前朱載坖已經在西苑靜攝許久了，一應政務都是太子在處理，這次朱載坖親自出馬，部署一係列的改革措施，使得朝廷都感覺到了一股不尋常的味道，尤其是內閣輔臣們，他們都是老狐狸了，對於眼下這種不尋常的局麵自然是很清楚的。
之前太子所推動的改革遭遇阻力，輔臣們原本以為朱載坖會優先處理此事，但是朱載坖並沒有處理此事，甚至提都沒有提這事，這就讓輔臣們有些奇怪了，不過輔臣們也很清楚，朱載坖一向是謀定後動的人，等到朱載坖要動手的時候，絕對是殺招了。
朱載坖在正月二十日突然通過軍機處下達命令，任命曹國公李言恭為提督兩廣水陸軍務事兼憲兵都指揮僉事，趕赴兩廣，清理兩廣衛所、鎮協官軍軍籍、軍屯。李言恭領命之後，即率領大批憲兵和錦衣校尉南下，這事當即在朝廷之上引起議論了。
朝廷曆來清軍，重點都是在兩京和九邊，因為這裡是朝廷重兵部署的地方，這次朱載坖卻突然命令曹國公李言恭出鎮兩廣，而且明確授予清軍大權，其實就是為了整頓兩廣軍務，先保證兩廣官軍的忠誠，這點是極為重要的。
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