作為首輔，申時行自然是要以維護朝廷的穩定為出發點，從太子去年開始推行相關的新政措施以來，申時行就在通過各種渠道和相關地方的督撫商量此事，要求他們想方設法幫助太子推行新政，在南直、浙江等身份，由於申時行在當地的影響力還是比較大的，同時從朱載坖即位以來，就是一直在加強對於浙直的控製，這些地方的官府也相對比較得力，同時這些商賈們很清楚，凡事和朝廷硬扛是沒有好下場的，申閣老是好言相勸，要是換了朱載坖，那恐怕就沒這麼善了。
但是在閩粵等地，申閣老的話顯然沒有這麼管用了，因為這些地方之前不是朝廷重點打擊的對象，而且在之前就是走私猖獗的地方，對於官府、朝廷，缺乏敬畏，也不信任，朝廷的政策很難在當地推行。
其中非常典型的就是福建的漳州，這裡民風剽悍，官府難治，漳州曆來是民風強悍的地方，早在宋元時期，這裡就有“佘蠻”的活動，宋廷隻能對其放任自流，以不治而治之。前元漳州發生過著名的陳吊眼起義，當蒙古大軍橫掃亞歐大陸之際，是陳吊眼這個微不足道的漳州山民最早起來反抗前元的殘暴統治，從此中國各地民眾的反抗浪潮接連不斷，最終推翻了前元的統治。
而即便是大明建立後，漳州仍是民眾不斷起義的地方，在元代形成的各類武裝隱藏於山區和沿海，經常襲擊大明的官軍，可以說，大明對漳州的統治很不穩固。在這一背景下，大明之前的海禁政策在漳州無法推行。當地民眾不管不顧，自行下海貿易，形成了私人海上貿易集團。
申時行不由得感歎道：“東南濱海之地，以販海為生，其來已久；而閩為甚。閩之福興泉漳，襟山帶海，田不足耕，非市舶無以助衣食；其民恬波濤而輕生死，亦其習使然，而漳為甚。至於朝廷法度，向所輕視，官府無能，至於今日。泉、漳等郡，僻處海濱，田受鹹水，多荒少熟，民業全在舟販，賦役俯仰是資。漳泉惡俗，童男幼女，抵當番貨，或受其值而徑與其人，而賺得其貨，或委身而甘為贅婿，或連姻而籍以富家，番華交通，一至此甚。”
這點陸光祖當然也是知道的，陸光祖就說道：“況漳泉風俗，嗜利通番，今雖重以充軍死之條，尚猶結黨成風，造舡出海，私相貿易，恬無畏忌。今日通番接濟之奸豪，在溫州者少，在漳泉為多。”
除了福建的漳州、泉州之後，還有兩廣的惠、潮等地，都是走私貿易和海盜頻發的地方，雖然朝廷屢加征繳，但是他們為了利益，甘冒奇險，這就導致這些地方本身就和官府的對抗情緒很高，儘管朝廷已經不再禁海，但是這些商人仍舊不願繳納關稅，甘冒奇險，走私犯禁，同時由於一些大明朝廷所禁榷的物資價值極高，他們也都敢於買賣，所以一向是朝廷的重點打擊對象。
不過他們在地方確實很有勢力，依賴海上貿易所賺取的錢財，和當地的宗族勢力，他們可以對抗官府，使得朝廷的政策無法推動，所以兩廣官府也是十分無力，在回複申時行的庭寄中，新任巡撫廣東都禦史石昆玉向內閣彙報：“竊憂夫潮有盜而無民矣，潮豈無民，民將儘化而為盜也。屠城破邑之魁，皆腰犀蓋黃之貴。子女玉帛，惟其意也？睚眥生殺，惟其命也。富貴於是乎出，功名於是乎出。肆誌快欲，亦於是乎出。民不為盜，而誰為乎？”
石昆玉對於惠、潮等地的情況做了調查之後是極為不樂觀的，在給內閣的庭寄中，石昆玉不無悲觀的說道：“惠潮二郡，依山傍海，外則海盜肆虐，內則土寇交訌，洶洶而俶擾者，考諸誌乘，代不絕書。惠州陸交錯，山谿深阻，狐鼠潛蹤其中，沿海各區遠接重洋，近連香港，邊防所在尤重焉。潮州皆阻山帶海，而最為險害者，程鄉之徑，饒平、惠來、澄海之澳港，平遠之隘。山峒蔥鬱，海濤噴薄，或連閩、越，或通廣、惠，此誠難製也。言天下之險絕者，莫過於山矣；言天下無容力者，莫過於海矣。廣之寇東通漳、汀，北連雩、贛，西迄郴、桂，抵於湖南，往來出沒莫測其境，是故二廣者，山寇之藪也。溟渤巨浸，渺無津極，環接諸島，風翔潮遊，舟楫匪力，是故二廣者，海寇之彙也。”
這使得申時行也極為痛苦，石昆玉素稱乾吏，撫治蘇州，都能夠得心應手，但是對於廣東，卻顯得力不從心。山海交織的地理形勢為海盜的肆虐提供天然的舞台，而本朝惠潮逐利的民風更是為這一舞台輸送了大量的演員。甚至之前有在惠、潮任職的官員認為：惠潮勇悍、嗜利的風氣，皆生於形勢，風氣之惡，不可以教化懷服。蓋自秦漢而己然矣。
新任巡按廣東禦史袁可立也在庭寄中向朝廷和內閣彙報了本地的情況：“惠、潮俗悍贄貪頑，不必財物豐多，但殺一人可得五錢，則欣然以為勝屠一豕。自潮州沿海而下，千有餘裡，半以攘奪為生涯，水務習熟，往來如飛。百粵之民，喜於為盜，見利如羶，殺人如飴，其天性也。餘閱獄牒中，有僅以數鏍而謀殺人者，有以鬥粟而行劫者。至於擄人勒贖，尤是常事。或禁之船中，或圄之地窖，或幽之密室，意其能識認者，則蒙其首而去，公然揭示於通衢而索之金錢。飽其意，則人可生還；稍不滿意，多有財命俱喪者。或擄人家女子，則群盜聚而奸之，贖不滿意，竟售之他鄉去矣。又有劫人屍棺而勒贖者，其事尤可怪矣！”
這些地方，民風剽悍，所謂大商賈和大海盜，其實就是一碼事情，難以治理，確實是極為頭痛的事情。
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