而在文淵閣，由太子主持的國務會議則是在商討應該怎麼處理閩粵的事情，閩粵公然對抗朝廷政策，此事是必然要予以處理的，但是在具體的處理方式上，重臣們的看法是不一樣的。
申時行認為要以維護朝廷的穩定為第一要務，凡事鎮之以靜，徐徐圖之，治大國若烹小鮮嘛，閩粵的事情雖然麻煩，但是對於大明來說，並不是什麼大事情，抽絲剝繭，慢慢來處理，並不是很難解決的。
但是陳於陛、王家屏等閣臣都認為采取霹靂手段，解決閩粵的問題，同時以龐尚鵬為代表的閩粵籍官員自然是備陳閩粵這些年所麵臨的局麵，龐尚鵬就說道：“今天下言盜賊之多者，莫過於廣東；言募兵之費者，亦莫侈於廣東。小民困於窘迫，生計艱難，大動乾戈，誠非所宜。”
龐尚鵬是支持申時行的看法的，現在閩粵宜靜不宜動，要緩慢的調整，從吏治到兵防，逐次改善，然後再談打擊豪強和走私等一係列的事情。
但是王家屏當然不能這麼罷休的，王家屏當即出來說道：“大司農說的輕巧，眼下奸民豪右，橫行鄉裡，上損國賦，下虐百姓，此何以緩圖？正當行法之時也！”
王家屏的態度是很明確的，就是要嚴厲推行朝廷的各種政策，懲治這些地方豪強，龐尚鵬當然知道這些豪強在閩粵的勢力極為龐大，但是這件事情是不能過於急的，否則是要激起民變的。
龐尚鵬趕緊說道：“王閣老，閩粵與其他地方不同，宗族強大，處之要慎重。”
這點龐尚鵬倒不是虛言，在大明，閩粵等地的宗族勢力確實是極為強大的，這些地方的大姓宗族聚居，人口眾多，往往超出鄉裡所能稽察的範圍。廣東的宗族勢力強大，和方獻夫、霍韜等人有密不可分的關係，他們不但是世宗朝大禮議的功臣，更是廣東籍的官僚。
在大禮議中，有一個並不重要的細節，就是在霍韜等人的建議之下，開始允許祭祀始祖，而之前民間隻許按照朱子家禮的規定祭祀其上的三代祖先。由於可祭始祖，“聯宗祭祖”的情況紛紛出現，覆蓋廣泛地域與涵蓋血緣關係的宗族組織得以應運而生。這也是閩粵等地宗族勢力強大的起點。
霍韜解釋“連宗祭祖”的直接原因是子女生前一同生活吃飯，死後若隻有嫡長子能夠得到祭拜，那麼子女的後代便不能祭拜他們的生身父母。這一點跟霍韜給世宗的上書中所強調的“父其父”、“母其母”的人倫大道可謂是一脈相承的。在霍韜等人的推動之下，閩粵等地的宗族勢力就開始大規模的擴展了。
霍韜本人就是其中的積極實踐者，霍韜修建霍氏的大宗祠，這個大宗祠和以往的宗祠還是有很大的不同的。一方麵，該建築突破了品官家廟隻奉“四世之主”的原則，奉祀始祖。另一方麵，霍韜還借助他在大禮議中所強調的“禮非從天設地產，因人情耳”的主張，擴大奉祀範圍，以“一父數子同居共食”為由，使大宗祠不僅奉祀大宗一脈的列代祖先，亦入祀各房支祖神主。
至此，霍韜改造了傳統宗法製度中以長子嫡孫為“大宗”的觀念，使“大宗”變成了一個涵蓋始祖以下所有房支人丁的群體概念。因此，霍韜所創之“大宗祠”，並非僅僅是“大宗”之祠，而是全體宗支之祠。這一“全體宗支”的認同，是以大宗祠作為最重要的認同符號。
這就使得閩粵地方的宗族勢力極為龐大，而隨後的倭亂、瑤亂等，也使得這些宗族勢力得到進一步的發展，因為在這些戰亂中，個人是很難生存的，隻有托庇於宗族，依靠宗族勢力才能夠生存，這也就使得閩粵等地的宗族勢力極為強大，而且內部十分之團結，這在其他地方都是很少見的。
這種宗族勢力強大的表現之一就是械鬥，為了爭奪田產、水源等，宗族之間經常進行械鬥，這在大明並不稀奇，可以說是隨處可見，福建、廣東、廣西和江西等地，宗族間的械鬥屢見不鮮。但是其中，福建的漳州、泉州與廣東的惠州、潮州更是衝突頻發，而且也是最激烈的地方。
龐尚鵬僅僅以比較大規模的械鬥舉例，福建泉州府同安縣的李、陳、蘇、柯四姓聯合起來，改稱為“包姓”，而當地的一些小姓則合並為“齊姓”，最終雙方爆發了衝突，在同安縣，參與者不下數千，死者百十，地方官府無力處理，隻能請求官軍鎮壓，朝廷調動數個衛所的官軍，才將其彈壓下去。
閩省漳州、泉州一帶的民眾性格強悍，喜好爭鬥，族大丁繁的家族常常依仗人力優勢欺壓弱勢群體。一旦發生小規模的衝突，他們就會糾集黨羽進行械鬥，甚至演變為大案。當官府介入調查時，他們又往往逃匿抗拒，對國法置之不理。漳州和泉州地區因土地矛盾引發的宗族械鬥屢見不鮮。大姓家族往往欺壓小姓，而小姓在受到欺淩後則心懷怨恨，伺機糾集更多力量進行報複。
這種情況，在惠、潮等地就更加頻繁了，甚至這些地方的宗族有嚴密的製度，規定怎麼使用宗族的田產和資源來進行爭訟和械鬥、祭祀、周濟、助學等事項。
其中，“祭祀”和“助學”無需過多解釋，而“械鬥”則是指宗族間的武裝衝突。“周恤”一詞可理解為宗族對鰥寡孤獨者的撫恤金製度。至於“健訟”，可以理解為擅長打官司的人，類似於影視劇中常出現的狀師角色。在械鬥發生後，往往需要官府介入決斷，而狀師的存在就為宗族提供了法律支持，但這也需要一定的經濟成本。
具體來說，當宗族間發生紛爭時，族田之資常被用於資助械鬥，包括聘請打手、支付訴訟費用，甚至出現人命案件時的賠償。這些都有一定之規的。
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