所以龐尚鵬認為，此事一定要慎重處置，因為一旦處置不慎的話，就容易引發民變的，這是必須要慎重的。龐尚鵬的話也得到了首輔申時行的讚同，申時行認為現在朝廷處置這些事情，一定要慎之又慎，不能夠輕舉妄動，這點也得到了很多閩粵籍官員們的支持。
對於閩粵的宗族勢力，確實是一個極為難解的問題，以潮汕為例，位於兩廣丘陵的潮汕，多山坡低穀，人均耕地隻有不到3畝，還不及全國平均水平的一半。土地就成為了潮汕最重要的資源，緊缺的耕地自然引起鷸蚌相爭，潮汕的富商大賈勾結官府與民爭利，囤積田地高價出租，以致大量底層民眾無地可耕，無糧可食。於是，潮汕人打響了以土地為核心的爭奪戰，宗族在其中發揮了巨大的作用。
一方麵，宗族為土地糾紛提供了調解的場所。不管是自家的牛被強占，還是地被強占，亦或是牛和地一起被強占，當事人都能“由親友耆老和解”。如不成則“訴諸各房分祠”，交由族中德高望重之人處置，再不成還能求助於疊繩堂——宗族間長老聯合會議。
另一方麵，當土地矛盾激化，言語調和不得時，宗族變身武力取勝的堅實後盾。宗族為爭地械鬥出人出錢，做好械鬥的動員和後勤。刑部的案卷就顯示，惠、潮等地械鬥頻發，死傷累累，一次爭地械鬥中死去40多人，都不是什麼罕見的事情。而在其後，都是地方的宗族來善後的，他們撫恤遺屬，收殮屍骸，同時在祠堂中加以祭祀，並在其名字後加上簡單的事跡介紹，比如“禦敵為父卒賊”、“扞寨武勇奮舉”、以及“守寨殺賊，以戕其軀”等。
所以對於宗族問題，處理必須要慎之又慎，朝廷以及地方官府，和宗族之間的關係並不是完全對立的，宗族也可以幫助官府穩定地方，所以對於宗族的處理，要掌握好分寸，太子在聽取了各方麵的意見之後，將這些意見上陳朱載坖，請求聖裁。
朱載坖看了國務會議的會議紀要之後問道：“太子怎麼看此事？”
朱翊釴說道：“父皇，兒臣因為，大司農和元輔所言還是有些道理的，然此事還是宜速不宜慢。”
朱載坖於是問道：“那太子說說你的看法。”
太子於是向朱載坖陳述了自己的看法，閩粵地區確實存在著強大的宗族勢力，但是宗族勢力並不是為了對抗朝廷而生的，很多時候隻不過是為了生存罷了，這點也得到了朱載坖的認同，朱載坖和很多閩粵籍的官員看法不同，朱載坖認為宗族勢力越大，人口越多，他們反叛朝廷的可能性就會降低，畢竟他們自己是很清楚的，他們和朝廷之間的力量過於懸殊。
但是這並不意味著朝廷就會和這些宗族勢力相安無事，他們不敢公然反叛朝廷和他們不會破壞朝廷的統治是兩碼事情，朱載坖認為宗族勢力的擴大是會影響到朝廷的行政和利益的，因為在宗族勢力的膨脹之後，他們想要做的無非就是兩件事情，第一就是培養自己的政治勢力，也就是通過科舉將自己家族的子弟送入仕途。
第二就是加強自己在本地對於資源的控製能力，通俗的說，就是當土皇帝，雖然他們反叛的可能性不高，但是他們想要割據的想法是一直存在的，甚至是隨著他們的宗族勢力的做大，割據的想法是會越來越強的，他們和朝廷在這點上是尖銳衝突的，朝廷要收取賦稅，控製地方，而他們也希望能夠壟斷地方的各種資源。
當然他們並不是武裝割據，更多的是希望通過充當官府和百姓之間的聯係人，看似是幫朝廷辦事，比如幫朝廷征收賦稅等事，其實是充當中間商賺差價，以此擴充自己的力量，同時利用官府打擊其他宗族，這種也是一種割據，而且一旦朝廷顯現出疲態，他們立馬就會從朝廷的順民切換到武裝割據的狀態的。
因為這些宗族不光控製了土地等資源，更加重要的是對人的控製，在閩粵等地，具有宗族成員身的人與沒有宗族成員身份的人在社會上處於不平等的地位，在資源的控製上也有不平等的權利。
那些不屬於被承認具有正統性的宗族的社會成員占有土地的企圖，總是會遇到宗族勢力的壓製，甚至得不到國家的支持，因為如果在政府的戶籍係統中沒有戶籍，即使買了土地，也沒有使自己的土地占有權合法化的資格。所以，沒有按照士大夫的文化規範組織起來的宗族背景，是很難獲得土地的法占有權的，除非能夠通過一定的社會和文化手段為自己創造出個宗族的背景。
朱載坖將石昆玉和袁可立的奏疏拿出來給太子看，朝廷上的重臣們有自己的看法，他們往往謀劃周全，善於統籌全局，但是地方的實際情況也是皇帝要必須掌握的，皇帝必須在朝廷和地方之間兼顧，朝廷大政方針和地方的實際情況，都必須要做到心中有數才行。
太子仔細看了石昆玉和袁可立的奏疏，當然明白了朱載坖的意思，朱載坖的想法就是以整頓吏治作為抓手，通過整頓吏治建立起朝廷在閩粵等地的威信，展示朝廷的存在，同時也為下一步應對這些宗族勢力做準備，對於這些宗族勢力，不可一概而論，也不能片麵采取措施，既然防範他們對於朝廷的統治構成威脅，同時也要利用這種緊密的宗族關係，為朝廷所用。
同時申時行的鎮之以靜也並非完全不可取，對於閩粵等地，一方麵要整頓吏治，嚴厲打擊走私、海盜等事情，另一方麵也要對於地方加以安撫，同時疏解百姓，改善民生，這些事情對於朝廷來說都是極為重要的事情，朱載坖這次將此事都交給了太子，命令他統帥內閣、部院，拿出一個完善的方案來。
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