對於朱載坖的吩咐，朱翊釴當然是要執行的，但是這還是朱翊釴第一次對於兩省的具體政務加以安排，同時朱翊釴也很清楚，此事恐怕很難善了，不僅僅是大量的官員可能因為此事會丟掉烏紗，更加重要的就是很有可能因此引發民變的，所以太子對於此事還是有些忐忑的。
對於太子的想法，朱載坖當然清楚，但是朱載坖放下這些奏疏說道：“這些事情，你們去辦，朕的事多。朕要把精力放在軍事上。”
朱載坖倒不是和朱翊釴說笑的，現在朱載坖的精力本來就大不如前，所以很多日常政務朱載坖都是交給太子處理的，而現在朱載坖最關心的就隻有一件事情，也就是西域的戰事，在隆慶二十七年開春之後，西域的戰報終於送達，李成梁冒著風雪挺進伊犁河穀，並且將準噶爾部予以擊敗，生擒哈喇忽剌，這一份戰績確實是對得起李成梁的名將之名。
同時現在李成梁的情況也並不樂觀，和蒙古人對峙了整個冬季，李成梁所統帥的官軍雖然依靠準噶爾部的汗帳據守，多次挫敗蒙古人的進攻企圖，但是自身傷亡也極為嚴重，李成梁八千精騎出發，現在僅剩不到五千騎，而且糧秣物資等基本殆儘，亟待補給。
和李成梁的報捷文書一起來的是西域總督吳兌的奏疏，吳兌當然知道現在李成梁的情況危急，所以在李成梁和吳兌取得聯係之後，吳兌就組織西域各衛所和駐軍一共一萬五千人，攜帶糧秣等物資前往馳援李成梁，同時增強李成梁部的實力，將準噶爾部徹底從伊犁河穀地帶趕走。
同時李成梁還向朱載坖上疏，認為準噶爾部汗帳所在之處，地理位置十分之重要，李成梁請求在這裡修築城池，設立衛所加以守備，控製整個伊犁河穀地帶，這點也得到了朱載坖的讚同，朱載坖也認同了李成梁的這個看法，命令在準噶爾部汗帳所在地修築城池，設立衛所，朱載坖親自賜名伊寧衛，去伊犁安定之意，同時在此地遷移衛所軍士，屯墾戍邊。
而吳兌則是向朱載坖上疏請求接濟糧秣等物資，朝廷在西域的屯田才剛剛開始，所獲不多，現在必須要朝廷加以支援才行，所以吳兌請求朝廷再度向輪台等地轉運糧秣，同時將儲存於交河等地，原本用來準備給今年征討西域南部大軍所支用的部分糧秣予以借支，先提供給李成梁部使用。
朱載坖同意了吳兌的請求，命令兵站都司繼續向輪台等地轉運糧秣，同時在陝甘雇傭百姓，幫助朝廷運輸糧秣，大軍準備進剿，對於葉爾羌汗國的用兵，是朱載坖謀劃很久的事情，現在終於得以實施了，這是朱載坖現在最關鍵的事情，同時重臣們也很清楚，能夠將西域納入大明的版圖，然後加以治理，對於現在的大明來說已經是極限了，所以重臣們也對此事很重視。
為了支援西域的作戰，朱載坖再度對於西域的軍事指揮體係加以更易，朱載坖將西域南北分為兩位不同的防區，北方仍由征西大將軍、襄國公李成梁負責，同時李成梁仍舊是西域的最高軍事統帥，全權負責西域戰事，但是李成梁主要是在西域北方對於衛拉特四部，現在對於西域南部的戰事確實是無暇顧及。
所以有鑒於此，朱載坖準備任命一位鎮西大將軍，統帥大軍征討葉爾羌汗國，同時命令陝甘等出地方官府準備足夠的糧秣，發運軍前，朱載坖之前就已經在陝甘等處以及交河、哈密等地囤積軍糧，以備征戰，這次朝廷再度興師，興兵二十萬，征討葉爾羌汗國，也算是大明興師極多的一場大戰了。
朝廷在西域所投入的兵力已經達到了二十八萬餘，是現在大明用兵最多的地方，在用誰擔任統帥這個問題上，朱載坖是思慮了很久的，兵部尚書梁夢龍舉薦杜鬆兄弟，杜鬆兄弟以勇悍聞名，這點朱載坖是很清楚的，但是杜鬆勇而乏謀，這點也是朱載坖所擔心的事情，杜鬆初由舍人從軍，累功為寧夏守備，遷東路副總兵。尋起孤山副總兵，擢都督僉事。
其兄杜桐以世廕入仕，曆任清水營守備，以謀勇著稱。遷延綏入衛遊擊將軍，改古北口參將，經總督梁夢龍推薦擢延綏副總兵，累遷至署都督僉事、總兵官，官至右都督，鎮守延綏、保定、寧夏等地。杜鬆兄弟確實是以勇悍聞名，同時梁夢龍認為他們是沙場宿將，又久在西北，熟悉情況，所以梁夢龍舉薦他們兄弟。
但是遭到了提督參謀軍務總署軍機大臣李如鬆的堅決反對，李如鬆認為杜氏兄弟勇而無謀，隻可為將，不可為帥，這下一下子引起了梁夢龍和科道的彈劾，他們對於李如鬆不滿不是一天兩天了，他們認為李如鬆驕橫跋扈，同時李如鬆否決杜鬆兄弟，是因為李如鬆之父李成梁現任征西大將軍，李如鬆不願有人去分他父親的權力，所以反對。
在戰場上李如鬆可以所向披靡，但是要論起晚筆杆子，十個李如鬆都不是這些兩榜進士的對手，李如鬆被他們懟的是無話可說，隻得向朱載坖告病擺爛。
朱載坖得知此事之後，派內侍要求李如鬆回衙理事，現在正是朝廷用兵之時，參謀軍務總署作為朝廷的軍令機關，豈可一日無人，至於任用誰為將，那是朱載坖聖裁的事情。
朱載坖召集軍機大臣們，商討用兵西域的事情，現在最重要的就是征討葉爾羌的主帥問題，朱載坖之前也派遣勳臣前往統兵，但是朱載坖對於他們統禦大軍的能力還是有很大的懷疑的，主帥必須選擇一個有能力指揮大兵團作戰的將領才行，這點是極為重要的。
朱載坖和軍機大臣們齊聚一堂，商量主帥的問題，梁夢龍和李如鬆兩人對視一眼，都是極為不服氣。
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