朱載坖是很清楚的，要控製住閩粵的地方官府，首先就是控製住官軍，閩粵的地方宗族勢力確實很強大，但是絕對沒有強大到可以對抗朝廷官府這個地步，這點朱載坖還是很清楚，同時對於閩粵兩省，朱載坖認為還是有有所區彆的對待。
閩粵兩省的宗族勢力確實是十分之龐大的，但是這兩省在具體的表現上是有所不同的，福建的宗族更多的表現為所謂的科舉家族，這些科舉家族的勢力在閩省是極為強大的，科舉家族所掌握的資源如同一把雙刃劍，用以謀公，則有利於地方社會秩序的構建與運作；用以謀私，則必然在不同程度上對地方社會秩序產生消極的影響。尤其是在開海之後，經濟發展，與社會財富的增加，官民競相逐利，僭越、奢靡之風盛行。
這些科舉家族利用自己所掌握的政治權力、社會地位等官宦之家為害鄉裡、魚肉百姓的問題十分嚴重，之前林庭機就曾經上疏朝廷，陳述福建這些累世簪纓的仕宦家族欺壓良善的行為，在奏疏中，林庭機曾經說過：“吾儕登一第，鄉之人為吾儕望慕讚歎，及其既也，無以厭，厥心乃苦，若增一盜籍而幸其早於鬼隸。士大夫家之魚肉小民，為害於閭裡，以為甚於盜賊。餘謂今士子初登第，其家即輿馬喧闐，笙歌鼎沸，通宵燕會，賀客盈門，父兄子弟鮮衣美食，僮仆飫酒肉，揚揚得意，如此而不貪饕於官，為?於鄉，安可得也？”
所以對於福建來說，重點要打擊的就是這些所謂的科舉世家，主要是要斷絕他們對於科舉的壟斷，這點是最重的，朱載坖在和學部尚書蔡國熙研究之後，對於福建的這些科舉家族，他們之所以能夠長期霸榜科舉，最主要的手段就是一經傳家，也就是一家隻治一經，專門應付科舉。
不得不說，這種手段確實是很有效的，以專治詩經的黃家為例，黃壽生，字行中，建文元年以《詩》中福建鄉試中式第20名，求歸養年邁的母親，親終後貢入太學，永樂六年應天鄉試高中解元，永樂九年考中進士。黃壽生子孫皆承其家學，以治《詩》傳家，水平相當高，共出了三位解元：黃壽生永樂六年應天解元）、黃乾亨壽生曾孫，成化十年福建解元）、黃如金乾亨子，弘治十八年福建解元），一家就以詩經作為本經，父子相繼，子孫承襲，普通人家的孩子，就是卷死也卷不贏他們啊。
還有莆田林氏，專治尚書，也是極為厲害的，無論是舉人、進士的規模，還是科舉功名延續的代數之多，都居全省首位，無一可與其相媲美。林家第一個中進士的是林洪，洪武二十九年舉人、建文二年進士，隨後一發不可收拾，林洪為洪武二十九年鄉試第29名，其胞弟林賢為永樂六年鄉試第16名；景泰四年福建鄉試取中135人，林耔第26名，其子林炯第69名；林塾為弘治十四年鄉試第17名，林富為弘治十一年鄉試第30名，林奎為弘治八年鄉試第46名，林墰為正德五年第23名；林應驄為正德十一年第3名；林雲同為嘉靖元年第16名，林萬潮為嘉靖十三年第28名，林議、林鳳鳴分彆為嘉靖十九年第27名、第46名，林廷升為嘉靖四十三年第28名，林兆箕為隆慶元年第42名，林兆珂為隆慶七年年第46名，林兆珫為隆慶二十三年第36名，林璣為隆慶十六年第28名。
其家族在科舉上的造詣之深厚，是其他家族難以望其項背的，這種情況在大明其他地方都是極為少見的，要說文風鼎盛，莫過於江浙，在江浙地區，父子進士甚至於祖孫三代進士確實是不罕見的事情，但是要說那個家族能夠一直壟斷科舉，代代家族中都有舉人進士，這在江浙是很難想象的。
李春芳狀元及第，兒子一樣連舉人都考不上，徐階探花出身，徐階的幾個兒子什麼造型也不是不清楚，所以朱載坖認為，這種情況是很不尋常的。在和內閣、學部等衙門分析了之後，朱載坖得出了結論，這些所謂的科舉家族，利用的就是福建全省文教的相對不發達和他們對於文教的壟斷所造成的。
雖然福建有很多的科舉家族，他們世代從事科舉，在大明的朝廷上占據很大的份額，但是整個福建地區的文教並不是特彆發達，這點和蘇鬆、江浙等地完全不同，最主要的問題自然還是經濟，福建本身的耕地就不多，土地兼並也很嚴重，在這種情況之下，能夠有能力讀書上學的子弟數量自然是遠遠不如江浙，再加上這些所謂的科舉家族對於知識的壟斷，使得普通百姓的子弟更加難以出頭。
反觀南直、浙江，由於教育的普及，受教育的子弟多，使得即便是累世簪纓的家族也不可能壟斷科舉，南直、浙江等地的生員規模極為龐大，競爭壓力極大，父祖進士翰林，子弟不能中舉者比比皆是，反而是中產之家的子弟，憑借天分和勤學，才有可能脫穎而出，中舉人進士。
所以從某種意義上說，福建是局域網單機遊戲，而江浙是聯網對抗，難度係數不一樣，再加上福建的這些科舉家族專治一經的辦法，每個家族之間儘可能的避免家族之間的衝突，大家各有各的所長，所以才能夠保證這些所謂的科舉家族代代傳承，累世簪纓。
而福建宗族中勢力最強的就是這些所謂的科舉家族的，朝廷要對付的主要也就是他們，而廣東宗族的表現形式則是完全不同。廣東的宗族勢力更多的呈現出的是經濟屬性，而非政治屬性，廣東的這些宗族，主要的追求經濟利益，這點是和福建的宗族有極大的不同的。
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