廣東由於開海之後經濟發展，尤其是海上貿易的繁榮，使得廣東的商品經濟大規模的發展，而海上貿易需要大量的商品，所以傳統的小農經濟顯然是不能適合廣東的現狀了，廣東人逐山海礦冶番舶之利，不務農田，求富已經成為了現在廣東的風尚了，在廣東出現了經營單一經濟作物的專業農戶，諸如香戶、花戶、果木戶、蠶桑戶、鴉戶、魚花戶等。
這些依靠商品貿易富裕起來的廣東人，試圖尋求保護自我的有效途徑。於是他們利用從商業化得到的經濟實力，仿名宗大族建立起自己的宗族組織。利用宗族保護自己的經濟利益，同時擴大生產，獲取更大利益，這是和福建宗族最大的區彆。
這種風氣也逐漸影響了廣東的士風，龐尚鵬就在奏疏中說道：“正、嘉之前，仕之空囊而歸者，閭閻相慰勞，嘖嘖高之，反之，則不相過。嘉、隆以後，仕之歸也，不問人品，第問懷金多寡為輕重。相輿姍笑為癡牧者，必其清白無長物者也。”
這種風氣使得廣東的官場確實是貪官汙吏橫行，引為常事，所以必須要加以嚴懲。對於廣東和福建，朝廷是要采取不同的措施的，對於廣東以整頓吏治作為抓手，主要就是嚴厲打擊貪汙受賄和走私，加強朝廷對於海上貿易的監管，整頓士風，保障朝廷的關稅以及各項政策的推行。
而對於福建，則是針對這些地方的科舉家族予以打擊，打破他們對於地方科舉的壟斷，振興文教，這點是極為重要的，同時就是將這些依附於家族的走私勢力加以鏟除，這點也是極為重要的，所以這次朝廷的重點就是兩個，第一打擊閩粵兩省的宗族勢力，第二就是整飭吏治，使得朝廷的各項政策能夠落地，這點是最為關鍵的。
這些事情，朱載坖就將其交給太子，現在朱載坖的重心主要就是西域的戰事，尤其是和衛拉特蒙古的談判，在天氣轉暖之後，大明再次和衛拉特四部展開了談判，這次朱載坖指令雲中辦事大臣張學顏務必要態度強硬，大明現在在戰場上是取得了優勢的，在這種情況下，大明的條件不可能有任何的退讓，這點是毫無疑問的。
朱載坖給衛拉特部的條件是很簡單的，第一，四部遊牧於阿爾泰山、額爾齊斯河一代，不準南下放牧，放棄在天山的所有住牧地，第二，向大明稱臣納貢，同時承認順義王是蒙古大汗，第三，大明在科布多等地築城派兵，同時和衛拉特部通貢貿易，第四，衛拉特部作為大明的藩籬，為大明守衛西北邊疆。
而作為回報，大明願意和衛拉特四部通貢貿易，從衛拉特四部購買馬匹、牛羊等物資，向衛拉特四部提供各種生活必需品，而作為大明的臣子和藩籬，當衛拉特四部遭遇入侵的時候，大明官軍也會幫助衛拉特四部抵禦入侵，同時衛拉特四部也要服從大明的調遣，派兵協助官軍在西域征戰。
朱載坖明確指令張學顏，這些條件不得更易，沒有商量的空間，如果衛拉特四部仍舊執迷不悟，朱載坖就調遣官軍將衛拉特四部趕出阿爾泰山以南，讓衛拉特四部去西伯利亞當野人。
在和衛拉特部談判的時候，朱載坖也在關注西域南路的事情，儘管大明扣押了葉爾羌汗國的使臣，但是葉爾羌汗國但是從大明的調動中嗅到了一絲味道，葉爾羌汗國決定先下手為強，他們所對準的地方就是交河，也就是原來的吐魯番，因為這裡地理位置要衝，是朝廷以北製南的關鍵節點。
此地扼守天山南北要道，北接烏魯木齊，南通喀什噶爾，東連哈密，西達庫車。是官軍的攻擊出發陣地，要是被葉爾羌汗國奪取，官軍要想奪取西域南部，確實是極為困難的，交河乃是收複西域全境之戰略要衝，作為朝廷重點經略的地方，交河自然是駐有重兵的，朝廷在原本吐魯番的境內另行擇地修建了交河城，同時設立了交河衛，交河前衛和交河後衛三衛在此屯墾，同時還駐紮有兩協官軍，以守衛交河，因為這裡儲存了朝廷西征的大量糧秣。
不管是朝廷為經略西域南路所準備的糧秣，還是準備發運到輪台然後轉運到李成梁部軍前的糧秣物資等，都需要在交河轉運，所以葉爾羌汗國決定攻取交河，一來是為了獲取朝廷儲存在交河的海量物資，雖然葉爾羌汗國信仰回教，但葉爾羌汗國遭受過戰亂破壞，其稅收已難以供給軍用。而賽義德與他的軍隊雖然早已皈依回教，猶是蒙古族人。他們鄙視定居的農耕生活，軍隊屯田是不可能的。他們更加喜歡劫掠，如果能夠獲得這些物資，不僅會極大的延遲大明對西域南路的經略，也可以壯大他們的勢力。
二來就是為了保住他們在西域南路的地盤，他們很清楚，朝廷如果從輪台出兵的話，交河就是經略西域南路的第一站，而如果能夠奪取並且守住交河的話，就可以將西域北路的官軍加以阻擋，之用對付從哈密來的官軍，而從哈密到交河，沿途八百裡，官軍跨越瀚海，必定人困馬乏，不一定是葉爾羌汗國的對手。
但是葉爾羌人的行動很快就被官軍所探知了，因為拉失德汗共有十二個兒子，他將兒子們分派到汗國各個重鎮，使整個汗國控製在他的直係親屬手上，這在一定程度上有利於汗國的穩定。但是也造成了葉爾羌汗國內部各派勢力的鬥爭，即便是大汗，要想集結葉爾羌的軍隊，也需要不少的時間，才能夠將各部落的軍隊都召集起來。
而葉爾羌汗國這麼大張旗鼓的召集軍隊，自然是逃不過官軍的眼睛的，西域總督吳兌一麵向交河派出援兵，一麵向朝廷上疏，同時請求從陝甘來的官軍提前出發，經由哈密馳援交河。
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