在西域的戰事再次拉開之際，大明朝廷，尤其是軍機處也在積極的謀劃著西域的戰事，上次朱載坖對於參謀軍務總署包括軍機處的各總署都進行了批評，認為他們沒有履行好朝廷所賦予的職責，在朱載坖的嚴厲督促之下，俞谘皋和李如鬆督促軍機處和參謀軍務總署重新進行戰略、戰役的籌劃，向朱載坖對於西域戰局的謀劃。
對於軍機處新拿出來的戰略戰役籌劃，朱載坖認為勉強有那麼個意思了，首先就是規定了官軍的控製範圍，北到阿爾泰山、額爾齊斯河，西到巴爾喀什湖，控製這個範圍的領土，是官軍主要的作戰目的，同時就是官軍各個戰役集團的編設。
參謀軍務總署重新規劃之後向朱載坖上疏，鑒於西域地域廣大，同時地形複雜多變，所以將西域分為南北兩路，以天山為界，北路有襄國公、征西大將軍李成梁統帥，主要負責的是對於衛拉特四部的打擊經略，南路以鎮西大將軍戚金為統帥，主要負責攻滅葉爾羌汗國，同時在西域南部建立起大明的統治，而針對廣大的西域，朝廷要組建四個戰役兵團，作為官軍在西域征戰的主力。
首先就是北路戰役兵團，由李成梁指揮，主要是官軍的騎兵主力，其戰略和戰役目的是威懾衛拉特部，控製西域北路，同時從天山以北對葉爾羌等西域南路的勢力施加戰略壓力。
其次是西域中路戰役兵團，是朝廷在西域部署的戰略機動力量和戰略預備隊，主要部署在輪台、交河等地，由朝廷在輪台、交河等地的衛所和鎮協官軍所組成，直接受西域總督指揮，負責守衛從內地到西域的道路，還有溝通天山南北的道路等。
而在西域南路，朝廷要配置兩個戰役兵團，由戚金和董一元指揮，南路的兩個兵團，第一個是由董一元所指揮的南路偏師，該兵團的主要任務就是控製西域南路的庫車、和田、巴音郭楞等地，同時為朝廷日後經略烏斯藏做準備，第二個就是由戚金所指揮的西域南路主力兵團，主要是為了徹底消滅葉爾羌汗國，同時控製巴爾喀什湖以東、以南的領土，重點控製喀什、阿克蘇以及更遠的阿拉木圖等地，是大明部署在西域邊疆的一支戰役級彆的兵團。
四個兵團各司其職，各有任務，同時也互相配合，按照參謀軍務總署所製定的方案，現在主要是打好交河之戰，應當命令南路兩個兵團加快腳程，馳援交河，同時北路兵團要給葉爾羌施加壓力，逼迫其回援，而南路兩個兵團則是大明向西域所揮出的兩個拳頭。
按照李如鬆的計劃，從哈密出發之後，兩個兵團先西進馳援交河，而後董一元兵團直接南下，經托克遜、博湖取道庫爾勒直取和田，而戚金兵團則是經天山一路向西，直取喀什打通西域南北路的交通要道，消滅葉爾羌汗國，控製整個西域南路。
對於參謀軍務總署的這個籌劃，朱載坖還是比較認可的，起碼有了一點戰役指揮的樣子了，對於具體的戰術指揮，則是有各兵團統帥臨機決定，同時西域總督也要協調各兵團之間的相互配合，保障各兵團的後勤給養。
除了參謀軍務總署之外，軍需後勤總署也向朝廷提交了完備的後勤方案，涵蓋了整個西域的道路營建，兵站配置，給養運輸和牲畜的調撥等事項，軍需後勤總署認為，為了維持朝廷大軍在西域的征戰，今年必須保證向西域轉運糧秣三百萬石，還有相應的豆料、馬草、軍器、彈藥等物資，要動員陝甘和西域三十九個衛所和近十萬的民夫，幫助朝廷轉運物資。
軍需後勤總署認為，隨著西域屯墾的增加和戰事的平息，預計每年減少糧秣轉運四十到五十萬石，等到伊犁河穀等地的軍屯有了收獲之後，朝廷的轉運壓力就會小多了，同時可以送西域調撥糧食接濟陝甘等地。
朱載坖這次批準了參謀軍務總署和軍需後勤總署的相關計劃，要求他們督促西域各兵團和兵站都司等部隊執行朝廷的計劃，同時就參謀軍務總署等的計劃有不同意之處，可以直接以密疏的形式向朱載坖反映，朱載坖下詔命令西域各兵團要忠實執行參謀軍務總署的籌劃，各部和衷共濟，務求必克。
這次參謀軍務總署的計劃，取消了所有的戰術籌劃，將戰術謀劃的權力完全下放給了各兵團的參謀司，由各兵團統帥負責具體的戰術執行，參謀軍務總署隻在戰役層麵上規定了各兵團的任務和各兵團協同作戰的相關事項，這點朱載坖還是很滿意的，參謀軍務總署必須首先明確自己的作用，才能夠領導各兵團、各鎮的參謀司運作，將戰術指揮和戰役指揮分開，也是加強朝廷對於官軍控製的重要手段。
各兵團之間有相互的防區，同時即便是統帥，其決策也要受到參謀司的製約，參謀司可以直接向參謀軍務總署彙報相關情況，並且向統帥提出建議，一旦發現有異動情形，參謀司可以立即向參謀軍務總署奏報，同時知會駐各兵團的錦衣親軍和憲兵都司校尉，同時各兵團的統帥仍舊是軍事主官，獨立行使指揮權，參謀司也要在其領導之下運作。
在朝廷的命令下達後，西域的戰事也愈演愈烈了，大明和衛拉特四部的談判進展仍舊不大，這使得朱載坖失去了耐心，明確指令襄國公李成梁加大對於衛拉特部打擊力度，同時從伊犁河穀威脅阿克蘇，增加朝廷對於葉爾羌的壓力，而在交河，率先和葉爾羌主力接戰的是交河前衛的官軍。
在官軍從夏爾溝堡撤守之後，就一直在加強阿拉溝口的防禦，以應對葉爾羌人的進攻，葉爾羌人穿越百裡的阿拉溝用了兩天時間，主要是官軍埋設的地雷和鐵蒺藜等遲滯了葉爾羌軍隊的腳步。
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