官軍在阿拉溝堡加固工事，嚴陣以待，同時夏爾溝的守軍也帶來了有關葉爾羌汗國的軍隊的相關情況，針對葉爾羌汗國的相關特點，官軍也對工事做了相應的調整，阿拉溝口的地勢相對要寬闊一些，便於雙方展開兵力，這點對於官軍來說是相對有利的。
阿拉溝起奎先達阪東側，東至阿拉溝口以東約十四裡處，全長約二百裡，深度在三丈到三十丈之間，平均寬度一裡，形成一條彎曲的狹長山溝；地勢險惡，最窄處僅能通行車輛，具有“一夫當關，萬夫莫開”的易守難攻特點，而阿拉溝口呈現一個喇叭形，便於葉爾羌人展開兵力，同時也便於官軍發揚火力。
葉爾羌軍隊比之北虜還是要有韌性的多，所以官軍的火力必須要強，足夠壓製住葉爾羌人才行，對於官軍來說，必須要以嚴密的火力壓製住葉爾羌人，才能夠取勝，畢竟葉爾羌人在兵力上還是占據優勢的，所以官軍在火力上必須要壓製住葉爾羌人，同時根據官軍在夏爾溝和葉爾羌人作戰的經驗來看，在近距離，葉爾羌的弓箭對於官軍還是有一定威脅的，所以官軍必須要準備防箭的各種用具，同時控製好和葉爾羌人的距離，儘可能的避免近戰肉搏。
同時在阿拉溝口，官軍也廣泛的埋設地雷，用以阻止葉爾羌人的進逼，官軍為了發揚火力，以阿拉溝堡作為官軍的防禦核心，封鎖整個阿拉溝口，雖然官軍的士卒們都是衛所兵，但是一眾軍官們都是久經戰陣的老兵了，他們大多是因為年齡大了，在鎮協官軍中無法提拔，才轉入衛所的，他們的戰鬥經驗是十分之豐富的，所以在一眾軍官們的指揮下，官軍加緊構築工事，迎戰葉爾羌軍隊。
而在交河城，馬棟收攏官軍各部，在交河城迎戰葉爾羌從西南而來的軍隊，交河作為大明在西域的重要據點，其防禦力度自然是很強的，朝廷新建了交河城之後，對於交河的城防還是極為關注的，交河城是按照府城規模建設的，同時也是按照衛所的形式加以建設的，防禦對於交河來說是首先要考慮的問題，因為交河是官軍重要的糧秣和軍器彈藥的囤積點，防守嚴密。
馬棟放棄了交河西南的烽燧和邊堡，改為派遣尖哨查探葉爾羌的軍隊的動向，葉爾羌軍隊也是直接從西南直撲交河，這點正中馬棟的下懷，現在戚金部已經在哈密休整完畢，正在從哈密趕赴交河的路上，馬棟隻需要堅守待援即可。
而在阿拉溝口，葉爾羌的蒙古人抵達溝口的時候，官軍已經是嚴陣以待了，交河前衛以四千餘人，死守阿拉溝口，葉爾羌汗國的首領們也很清楚不擊敗當麵的官軍，他們連交河城的邊都摸不到，比之夏爾溝，阿拉溝口要平坦寬闊的多，但是官軍的準備也比夏爾溝要強的多，這點葉爾羌人是很清楚的。
官軍以鹿角、鐵蒺藜等物阻擋葉爾羌人的騎兵，使得葉爾羌人不得不下馬步戰，不過這些葉爾羌人所能夠投入的兵力比之之前要多的多了，在夏爾溝，葉爾羌人一次僅能夠投入數百人，空有兵力優勢也不能展現出來，但是阿拉溝口一次就可以投入數千人，使得葉爾羌人的兵力優勢能夠發揮出來。
葉爾羌人當然知道官軍的火器犀利，所以他們將軍隊分成數隊，然後首先逼迫西域各部族的奴隸們率先向官軍發動進攻，排除和破壞官軍所設置的各種防禦設施，官軍也是積極準備，和夏爾溝堡不同，交河前衛作為一個獨立衛所，和守禦千戶所相比，除了有一千餘人的脫產士卒和重炮之外，還有一支百餘人的善射隊，使用官軍的線膛燧發火銃，這些士卒都是本衛中的善射之士，官軍一般將他們作為散兵使用。
由他們兩三人一組，自行選擇射擊地點，主要是射殺敵軍中的軍官、傳令兵等重要目標，專門打擊敵軍的指揮體係，交河前衛將這些人都撒了出去，專門打擊這些葉爾羌人。
葉爾羌軍隊的軍官們驅使著自己部落中的奴隸進攻官軍的防線，希望通過這些奴隸來消耗官軍的彈藥，同時試探出官軍的火力弱點，他們當然知道官軍的火力強大，硬剛官軍是沒有什麼好下場的，所以希望通過用這些奴隸來消耗官軍的彈藥，但是官軍也明白葉爾羌人的意圖。
交河前衛指揮使命令官軍的火炮等都不準射擊，同時命令打擊葉爾羌的軍官們，在葉爾羌人的趨使之下，數千奴隸衝擊官軍的防禦陣地，而官軍這邊則是極為冷靜，冷漠的看著這些人接近，很快他們就進入了官軍所布設的雷區中，這次官軍所使用的是拉發手雷，所以握緊拉繩的士卒要等候軍官們的指令才會拉動拉繩，引爆地雷，但是軍官們顯然是不會為了這些奴隸而浪費寶貴的地雷的。
這些奴隸接近官軍的陣地後，首先打響的是官軍的燧發線膛火銃，這些火銃也是官軍中射程最遠的火銃，他們主要打擊的對象就是在後麵壓陣的葉爾羌軍官，隻要沒有這些軍官的督促，這些奴隸是不可能有什麼戰鬥力的，所以官軍任由他們接近官軍陣地，軍官們嚴厲的控製著士卒，不準開火，違者軍法從事。
以往官軍由於紀律差，同時缺乏訓練，往往會出現部分士卒由於緊張也提前發射火器的行為，而且往往是一人發射帶動一片，使得官軍的火器威力大打折扣，現在官軍以嚴格的軍紀要求射手聽從指揮，不準亂放，所以儘管這些葉爾羌人已經進入了官軍的火器射程之內了，但是官軍仍舊沒有開火，不過官軍的散兵一直在不斷的射殺葉爾羌的軍官們，以減弱他們對於這些奴隸的控製程度，給官軍的齊射創造條件。
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