麵對葉爾羌軍隊的火銃，官軍自然是毫不畏懼的，官軍在城頭上和葉爾羌人對射，同時官軍的榴彈炮還交替使用開花彈和燃燒彈攻擊葉爾羌人，葉爾羌人為了發揮火銃的威力，隊形自然是極為密集的，而這種密集的隊形，自然就是官軍的主要打擊對象，在官軍直瞄間瞄火力的協同打擊之下，葉爾羌人很快就扛不住了，葉爾羌的第一輪進攻，除了摸到了交河城的城磚之外，一無所獲。
而在阿拉溝堡，交河前衛仍舊在和從西麵而來的騎兵對峙，這些蒙古人當然知道官軍的陣型不好對付，這點他們是很清楚的，蒙古人的本色在這個時候還是起了作用，他們認為，如果葉爾羌的主力能夠奪取交河城的話，交河前衛必然不戰自退，到時候他們就可以銜尾追擊的，如果要是葉爾羌的主力無法奪取交河的話，他們即便是在付出巨大的傷亡擊敗了交河前衛，也沒有辦法奪取交河城。
他們和葉爾羌汗國那些回夷是不同的，他們是原來察合台汗國的直係部落，儘管現在也信仰了回教，但是畢竟是蒙古人，並不是畏吾兒人，這點是他們和這些回夷最大的不同，他們仍舊堅持蒙古人的遊牧風俗，對於定居沒有任何興趣，所以他們這次對於葉爾羌汗國進攻交河的想法本來就不是很積極，之前在夏爾溝又沒官軍重創，所以他們現在對於和交河前衛硬碰硬是沒有任何興趣的。
加上前一天他們也試過了，交河前衛的火力是遠遠強於夏爾溝的，要是硬碰硬，蒙古人的損失必然是不小的，所以他們不願進攻，這也是其中的一個重要的原因。
而在交河城外，葉爾羌汗國的阿布都克裡木汗?召集麾下的將領們商量應該怎麼對付大明官軍，麵對官軍強大的守城火力，葉爾羌人承受了巨大的傷亡，這麼打下去，恐怕葉爾羌這五六萬人拚光了都不見得能夠拿下交河城，所以必須想其他辦法，這點也得到了在場的將領們的支持，現在必須智取，這點確實現在葉爾羌汗國軍隊的主要想法。
一個之前在吐魯番等地駐守的將領提出可以利用土工作業，挖掘地道，潛進到交河城下，然後在通過挖掘等辦法攻城，這確實一個辦法，地道毀城也是一種攻城的手段，在之前的戰爭實踐中，穴攻也確實是一個不錯的手段，尤其是交河附近的土壤，便於挖掘地道，之前這裡廣泛的挖掘坎兒井，作為引水的辦法。
坎兒井由豎井、地下暗渠、明渠、蓄水池等四部分組成。在吐魯番各片綠洲附近傾斜的戈壁上，可以看到排成一串一串的礫石土堆，方向由高處向綠洲延伸，那便是豎井口，是掏挖地下渠出土和通風的孔道。豎井底部一一連通即成暗渠。這些都說明這裡是適合進行土工作業的，而且葉爾羌軍隊人數眾多，現在也將整個交河城包圍了起來，在這種情況之下，確實是具備進行穴攻的條件，所以阿布都克裡木汗決定進行穴攻，挖掘地道進攻交河城。
但是阿布都克裡木汗很清楚，要是葉爾羌軍隊什麼都不做的話，官軍勢必會起疑的，所以為了掩護他們的穴攻，葉爾羌軍隊決定再度實施攻城作戰，和之前的集中兵力攻城不同，他們也很清楚，如果隊形對於密集，麵對官軍的優勢火力，所付出的傷亡將會是極為慘重的，所以他們四麵出擊，然後以鬆散陣型接近交河城，準備使用雲梯等攻城器械攻城。
麵對葉爾羌的這種戰法，官軍自然是不會予以客氣的，成箱的手榴彈被搬上了城頭，然後官軍的線膛燧發槍以冷槍打擊葉爾羌軍隊的軍官、傳令兵等，一旦發現葉爾羌人有密集集中的趨勢，就用排槍和霰彈招呼，要是真的到了城下，就是密集的手榴彈對付他們。
但是馬棟並沒有掉以輕心，他認為葉爾羌將領沒有這麼傻，昨日的大規模密集進攻，尚且沒有討到什麼好處，火炮也被官軍消滅的七七八八了，在這種情況下，他們怎麼可能采取這種進攻方式，而且葉爾羌汗國是在原來的吐魯番經營過的，知曉吐魯番的地質情況，所以馬棟判斷，他們可能是要采取穴攻。
對於穴攻和反穴攻，官軍的經驗是十分之豐富的，從春秋時期起就有相關的論述，馬棟作為專門研究城市攻防作戰的將領，對於這些自然是十分之熟稔的，反穴攻首先就是要確定地道的位置，在城的高處設隙望哨，嚴密監視敵軍動靜，一旦發現有挖地道的跡象，如反常的土方堆積和濁水流淌等，立刻在城內相應方向緊貼城牆根挖井，五步一井或三丈一井），在井底放置新陶缸，上蒙薄牛皮，使聽力聰敏者伏缸偵聽。因為敵人開鑿地道發出的聲響在地下傳播的速度快，衰減小，容易激起缸體共振，因此用這種方法能夠偵測到地道的方位。
隻要能夠掌握敵人地道的位置，就好處理這些事情了，不管是水攻、火攻、煙熏甚至是直接的短兵相接，都是處理這些地道的辦法，所以馬棟當即命令設置陶甕，監聽地下的情況。
而身在輪台的西域總督吳兌接報交河被圍之後，也立即采取了措施，吳兌首先傳檄戚金部，要求官軍加快速度行軍，同時命令李成梁部在掃蕩伊犁河穀之後南下給葉爾羌汗國製造壓力，同時動員輪台諸衛的衛所軍士，準備解交河之圍，向交河方向派遣尖哨，探查葉爾羌軍隊的情況。
而在朝廷，和衛拉特四部的談判也已經進入了最終的階段，被李成梁率領官軍騎兵愛過之後的衛拉特四部終於明白了一個道理，就是現在的大明已經不是之前的大明了，如果不接受大明的條件，但是真的有能力讓衛拉特四部在此地沒有立足之地的。
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