對於衛拉特四部，朱載坖采取了拉打結合的措施，一方麵命令李成梁對於衛拉特部中堅決反對向大明媾和的準噶爾部，要堅決予以打擊，削弱準噶爾部的力量，同時向衛拉特部展示大明的實力，另一方向對於和碩特部，則在土默特部的幫助下予以拉攏。
朱載坖承諾在達成封貢之後，大明皇帝親自冊封和碩特部首領為衛拉特部首領，賜爵郡王，僅次於順義王，順義王雖然也是郡王，但是賞親王服色，是大明在蒙古的重要代言人，也是大明控製蒙古的主要手段，而衛拉特部在歸順之後，大明在科布多等地設立衛所，派駐辦事大臣，同時和衛拉特部開展貿易，幫助衛拉特部解決各種所必須的物資，同時對於衛拉特部的各級首領，也都要予以冊封。
當然除了這些好處之外，朱載坖也明確的說明，如果衛拉特部不接受這個條件，那朱載坖就會繼續派李成梁給衛拉特各部搬家，李成梁這個名字，現在蒙古人耳中如同惡魔，不管是土蠻還是土默特部，還有現在的衛拉特四部，都曾是李成梁海扁的對象，對於他，蒙古人是十分畏懼的。
而土默特部也在勸說衛拉特四部，尤其是和碩特部，他們已經失去了烏魯木齊的住牧地，現在準噶爾部也被官軍從伊犁河穀給趕了出來，都是沒有住牧地的情況，一旦瓦剌三部聯合起來消滅和碩特部，這並非不可能的事情，這點也確實和碩特部酋長們所擔心的事情，同時通過連續的戰爭，衛拉特四部也看到和大明正麵對抗是絕對沒有好處的，所以最終以和碩特部為首的衛拉特四部和大明還是達成了封貢和議。
根據張學顏和衛拉特部使臣所達成的協議，衛拉特四部向大明稱臣納貢，向大明皇帝上九白之貢，同時承認順義王是蒙古共主，大明皇帝冊封衛拉特部首領為忠義郡王，其餘各部落首領，按照部落大小，各授予從都督僉事到千戶不等的職務。
同時大明在科布多派駐辦事大臣，修築城池，派遣官軍駐守，和衛拉特四部通貢貿易，衛拉特四部是大明的屬夷，從阿爾泰山、額爾齊斯河以西、以北都是衛拉特四部的住牧地域，而在衛拉特四部遭遇侵略的時候，大明也要出兵予以援助，而大明在征戰的時候，也可以從衛拉特四部抽調兵力，但是要比照官軍士卒給予軍餉，同時對於衛拉特士卒所獲取的軍功，大明也要予以賞賜，衛拉特四部為大明守衛西北邊陲，同時大明通過賞賜、通貢貿易等方式對於衛拉特四部加以接濟。
總的來說，這份條約對於大明來說也算是有利，同時也使得衛拉特四部有了合法的住牧地，至於伊犁河穀，那是朝廷重點屯墾的地方，自然是不能給蒙古人的，但是大明可以在糧食上對於衛拉特部予以接濟，同時在土默特部、大明和和碩特部已經格魯派活佛的見證下，還簽署了一份密約。
密約的主要內容就是和碩特部向大明輸誠，換取大明支持和碩特部成為衛拉特部的首領，大明扶持和碩特部成為衛拉特部首領，承認和碩特部對於衛拉特四部的領導，同時和碩特部首領的子弟送大明國子監學習，等到成年之後再回到部落中去，大明在科布多也要開辦學堂，教授蒙古人漢語、漢字等。
在達成了這些協議之後，和碩特部代表衛拉特四部向大明上九百之貢，以示臣服，同時朝廷也諭令李成梁放準噶爾殘部離開，不再予以追擊，之前被服的準噶爾首領，解送京師，予以正法，朱載坖明發上諭，承認和碩特部為衛拉特四部首領，同時選定科布多辦事大臣，設立科布多五衛，在科布多等地修築城池，屯墾戍衛，同時將部分遷移到西北的女真人也安置到這裡，加強朝廷對於西北的控製。
至此，西域北路已經抵定，接下來就是南路的問題，葉爾羌汗國畢竟是個國家，所以必須予以消滅才行，根據參謀軍務總署的命令，李成梁統帥西域北路的朝廷騎兵兵團南下，自伊寧南下，取道昭蘇，直取阿克蘇，斷絕葉爾羌大軍歸路，同時動員西域各衛所官軍參戰，從北、東、東北三個方向包夾葉爾羌汗國，李成梁兵團和戚金兵團是官軍主力，主要負責控製阿克蘇、庫車、喀什等地，而董一元所率領的官軍偏師，則是主要負責控製和田等地，在殲滅葉爾羌汗國主力之後，官軍各兵團可以適當分兵，控製各地。
為了加強對於西域的控製和朝廷日後控製西域的穩定，朱載坖給各兵團統帥都下達了密旨，要求他們對於這些禍首，痛加剿除，永絕後患，不管是白山派還是所謂的黑山派，都要予以堅決消滅，防止這些宗教勢力日後成為影響大明西域穩定的力量。
而在交河，官軍和葉爾羌的交手仍在繼續，葉爾羌人確實在實施穴攻，但是進行的很不順利，因為交河城在河邊，而整個交河城又在一個相對比較低的地方，所以這裡的地下水位很高，而且現在正是春季冰川融水的時候，地下水豐富，葉爾羌軍隊的坑道挖掘很不順利，地下水嚴重的阻礙了他們的挖掘。
而且吳兌也在積極采取行動支援交河，原本阿布都克裡木汗的想法是葉爾羌軍隊兩路並進，從西麵來的蒙古騎兵可以牽製官軍從輪台方向馳援交河，但是現在交河前衛將這些蒙古人阻擋在了阿拉溝口，使得輪台的官軍可以直接馳援交河，這對於葉爾羌軍隊來說是極為不利的。
也有將領提出乾脆引水灌城，但是這同樣需要極為龐大的勞動力，以現在葉爾羌軍隊的數量，是很難完成這麼龐大的工程的，所以在阿布都克裡木和眾將商量之後，決定繼續穴攻。
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