再加上當時朝廷所推行的“衛所制度”和“屯田制度”，大量中原內地南征部隊留駐，高土司統治的範圍被逐漸排擠，縮小到了少數民族聚居山區，半山區，河谷地帶和部分壩區。

本來“改土歸流“的目的是“駕馭束縛，藉此招徠，使其接受正朔，不致叛亂，逐步做到不戰而降，不削而弱。

“然而當時吏治不清，流官中飽私囊，加之土司的剝削極為殘酷，使得當時的少數民族邊民生活極為艱難，故在土司所統治的少數民族地區暴亂不斷。

到了清乾隆年間，川，黔一帶貧苦農民因受官府地主壓迫，失去產業，來到此地幫工，或佃耕，或行商，或開辦作坊。

有的積蓄銀兩，向土司購買土地，居住下來。

到了嘉慶年間(1796—1820年)，高土司出賣土地越來越多，因而使一部分傈僳族，傣族農民無田可耕。

這最終導致了道光元年的唐貴起義，這次起義規模很大，世居於當地的傈僳族，傣族，彝族青壯年男子大都參加了義軍。

最終，清政府動用貴州，四川和雲南共3萬多官軍(當時雲南全省一共只有3萬多官軍)才將此次起義鎮壓。

鎮壓此次起義僅從雲南藩庫的提銀就達13.5萬兩，而當時雲南實徵的稅銀只有12萬兩。

此次起義，雲南提督張鳳等多名官員被撤職，土司高善被處斬。

此次起義後，清政府在永北直隸廳增設了舊衙坪經歷署，派流官鎮守。

並規定土司永遠不準再出賣少數民族耕種田地。

光緒十九年(1893年)，永北又爆發了針對高土司的丁洪貴起義，此次起義，土司高履坤被殺。

光緒二十五年(1899年)，末代土司高長欽承襲土司職位。

毗時，永勝的流官已經掌握了權力，高長欽的土司職位已經成了虛職。

原來屬高土司管轄的地區已經不再向他們交租，他們的稅賦由朝廷流官領導下的政府直接收取。

儘管這樣，土司的職位還是得到了保留。

高土司歷史的終結終於一場關於寺院租金的官司。

當時的永勝縣城裡寺院比較多，比較有名的有靈源寺，無垢庵，寶積殿等。

這些寺院一直由高土司家管理，其中店鋪的租金也由高土司家收取。

隨著高土司家權勢的減弱，租金的歸屬問題爭議越來越大，最終導致了一場官司。

後來，這場官司打到了縣府，判決結果為寺院為公有財產，高土司家不再收取租金。

由於高長欽在訊堂上出言不遜，當時的流官楊廳丞給省府寫了一份報告，要求對高土司家徹底改土歸流。

光緒三十四年正月二十二日，時任雲貴總督錫良上奏朝廷“雲南永北直隸廳屬北勝土知州高長欽，驕奢淫逸，暴戾恣睢，苛虐夷民，迭被控告，查北勝土州地方，關係緊要，前經奴才奏請改流，並宣告仍留土州原銜，准予世襲在案.現襲土州高長欽既屬苛虐不職，未便稍事故容.相應請旨斥革，仍照改流原案，準其另楝夷眾悅服之人，承襲職銜，以示體恤。”

光緒三十四年(1908年)二月，朝廷“以暴戾恣睢，革雲南北勝土知州高長欽職。”

至此，曾經權傾四方的高氏土司的歷史正式終結。

末代土司之女高玉柱

同時，說到高氏土司，還不得不提一下的是其中的後代之一高玉柱。

高玉柱為末代土司高長欽之女，出生於1906年，年幼時，家中設有私塾，高玉柱從小聰明伶俐，才智過人，詩詞歌賦，琴棋書畫，躍馬狩獵，無不熟悉。

時人稱為滇西才女，閨中俊傑，其所著詩詞，繪畫甚多，今仍有部分在民間流傳。

從1936年開始，高玉柱和雲南少數民族喻傑才以西南沿邊土司，夷苗民眾代表的身份在南京共進行了數次請願活動，請願期間，高玉柱受到了當時很多政府要員和社會名流的接見。

在南京和上海期間，高玉柱在電臺，大學，學術交流會等場所進行了大量的演講，《中央日報》，《申報》和《北洋畫報》等媒體對她的活動進行了報導，《邊事研究》，《西南評論》等刊物也對他的請願活動進行了報導和評論。

1938年2月，高玉柱與嶺光電，楊砥中等人又申請成立《西南邊疆民族文化經濟協進會》，並獲得批准。