光宅元年二月，李重照被廢，劉仁軌又被任命為尚書左僕射、同中書門下三品，專任西京留守，獨自主持長安的留守事務。

武則天特意寫信給劉仁軌，將其與留守關中的西漢名臣蕭何並稱。劉仁軌卻以年老體弱為由而上疏推辭，請求免除自己的留守之任。他還乘機陳述西漢呂后亂政敗亡之事，以申明對武則天的諷諫之意。

武則天得詔後，派侄子武承嗣專程前往長安慰問劉仁軌，向其解釋道.

“今日因皇帝正在守喪不能開口釋出政令，眇身我（武則天）暫時代替他處置政事。勞您從遠處勸誡，又上表聲稱年老多病要辭職，內多責備抱怨，使我憂慮不安進退無據。你又說‘呂后被後代恥笑，呂祿、呂產給漢朝帶來災難’，比喻實在深刻，使我欣慰和慚愧交集。您忠貞的操守，終始不變；勁直的氣節，古今罕比。開始時聽到這種話，怎能不感到迷惘；靜而深思，足為借鑑。而且宰相之位，是百官的楷模，何況您是先朝舊臣，為遠近所注目。希望您以匡正補救國事為懷，不要以年邁為由請求退休。”

不久，朝廷進封劉仁軌為樂城郡公。

垂拱元年（685年），劉仁軌遵從新令，改任文昌左相、同鳳閣鸞臺三品。

歷史上，在公元685年，正月二十二日（3月2日），劉仁軌逝世，享年八十四歲。武則天為其輟朝三日，命在京官員依次到他家中弔祭，追贈開府儀同三司、幷州大都督，陪葬乾陵，賜其家實封三百戶。

唐中宗李顯重新即位後，因為劉仁軌是“春宮舊僚”，追贈他為太尉。唐玄宗開元（713年—741年）年間，經劉仁軌之孫、秘書少監劉冕申請，玄宗下詔為劉仁軌立碑，並賜諡“文獻”。

天寶六載（747年）正月十二日，劉仁軌與尚書右僕射褚遂良、司徒高季輔一同配享唐高宗廟廷。

而此時的劉仁軌還並沒有去世。

李行周陪同劉仁軌一起閱兵，只看見兵甲林立，戰陣如山，好久沒有體驗過這種生活了。

劉仁軌長長的撥出了一口氣，他已經垂垂老矣，能再次進入兵營，自然是感慨萬分。

劉仁軌雖然是文人出身，但是他一生都沒有離開軍隊。

龍朔元年（661年），劉仁軌為檢校帶方州刺史，會合新羅兵，大破百濟軍於熊津江口，解百濟府城鎮將劉仁願之圍。

次年，與劉仁願共敗百濟於熊津東。在孤軍無援之際，說服部眾，堅守觀變，伺機拔數柵，並攻取要塞真峴城。

龍朔三年，率水軍於白江口擊敗援救百濟的倭軍，焚其舟400艘。百濟平後，劉仁軌奉命留鎮百濟。他修屯田，訓士卒，以圖攻取高句麗。

乾封三年，輔佐司空李積滅亡高句麗。咸亨五年，率軍攻新羅。次年，破其要鎮七重城；又遣靺鞨軍渡海，攻新羅南境，殺獲甚眾。

儀鳳二年，又任洮河道行軍鎮守大使，以防禦吐蕃。

英雄當持三尺青鋒，死當馬革裹屍還。

劉仁軌看到臺下計程車兵們，精神瞬間恢復過來了。

“將士們，左武衛威武！”

顯慶五年。左武衛大將軍蘇定方平定百濟。戰後，劉仁願被任為都護，並率領左武衛駐紮在新羅。

此後十餘年間，左武衛一直都是在劉仁軌的統帥下。

劉仁軌走上演武臺，拔出自己的長劍，振臂高呼。

他的話並不多，但是卻是那麼的震撼人心。

“大將軍，威武！”

“大將軍，威武！”

.......

臺下計程車兵附和著，他們舉著長槍聲嘶力竭的吶喊著，整個左武衛都被這股聲浪吞沒了。

李行周這次是真的服了，劉仁軌果然是個天生的軍人，只一個簡單的動作，便引起如此效應。

李行周很清楚，有了劉仁軌，左武衛真的會成為復興李氏的中堅力量。

劉仁軌將劍放回劍鞘，雙手平舉，等士兵們安靜下來後，大聲笑道。

“今天劉某很高興，沒想到離開左武衛這麼多年，大家居然還如此擁戴我，劉某再此感謝各位兄弟厚愛了。另外，今天給大家介紹一個人！”

此時的劉仁軌已經八十餘歲了，而且已經是大唐一等一的權臣、重臣。

但是說起話來，依舊帶著點行伍之氣。

僅僅兩三句話的功夫，就讓自己與左武衛之間的隔閡全沒了。

“李學士，上臺來！”