到了景泰八年，被幽禁八年的正統皇帝朱祁鎮，借“奪門之變”重登帝位，改元天順。
此時的朱祁鎮已非當年懵懂少年，而是一位政治成熟、心誌堅定的君主。
他重新掌權後，迅速察覺文官集團權勢之盛，深感皇權已被嚴重削弱。
麵對此情此景，他在多方權衡之後，決意處死於謙——這位被視為文官勢力崛起的代表人物。
此係從皇帝立場出發的判斷，並非否定於謙功績！）
他其實早就在防備這一天的到來。正因察覺朝中文臣勢力日益膨脹，難以壓製，他才決意親征。
自洪熙時期起，文官集團在朝廷中的話語權不斷加強，就連宣宗皇帝也受到諸多掣肘。
而彼時，以瓦剌為首的蒙古各部大舉侵犯邊境，大同邊軍幾乎全軍覆沒。這讓自幼在宮中長大、由宦官伴讀教導的年輕君主，萌生了借禦駕親征積累軍功、提升自身威望的念頭。
然而土木堡一役，他敗得太慘。在這場與文官集團的較量中，他幾乎失去了所有可以依靠的力量。那些曾經忠於他的文臣與武將，幾乎無一生還。若以後世的眼光來看，可以說擁護皇權的一派被徹底消滅。
此時，文官一方的勢力正處於上升階段。他殺掉於謙後，隨即廢除了於謙推行的京營兵製，重新恢複三大營的舊製。
這種做法，實質上是以另一種方式削弱文官對軍隊的掌控，以減少對自己的威脅。
對於漕運係統，他也進行了一次重要調整。天順元年，他對漕運事權進行了改組。
他加強了漕運總兵官與參將的權力，讓他們與漕運總督一同負責整條運河的治理事務，並兼管河道管理。
同時，他重新提升勳貴對軍隊的統屬，專門設立管理運河事務的十二名把總，整條運河自此牢牢掌控在這十二人手中。
其中，南京二人，江南直隸二人，江北直隸二人，中都鳳陽一人，浙江二人，山東二人，湖廣一人，江西一人。
這些把總由漕運總兵官與漕運參將直接統領，分管各地漕運事務，分轄各衛所的漕運兵力。
在天順元年設立之初，這十二名把總所轄軍隊總計十二萬人，運船逾萬艘。
此外，還設有“遮洋把總”一職，編製七千餘人，海船三百五十艘，專門負責河道秩序與防衛，以及漕糧的海道運輸。這十三名把總統稱為“運軍”。
這些把總職務，多由各地方衛所的指揮使或千戶擔任。
由於漕運總兵官和參將皆由勳貴擔任，又手握重權，因此開始出現武將地位高於文臣的局麵。
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