為此，他特地召來掌管內庫的大太監，命王朝輔前來協助核賬對數。
原內庫存銀共計一千三百萬兩，加上此次抄家所得，總數已達三千八百萬兩。
一躍成為大明境內最富有的“地主”，連朱由校自己都略感恍惚。
但他並未因此驕矜自滿，深知這一切不過是個開端罷了。
北方的官紳勢力尚不及江南，京師的勳貴更無法與南京那些自洪武年間延續至今的開國功臣世家相比。
權衡之後，朱由校決定：此次查抄所得糧食，儘數移交戶部太倉；至於金銀財貨，這一回他不再分潤他人。
隨著收尾事務迅速推進，京師局勢也漸漸恢複平穩。
由於朱由校一回京便掀起滔天波瀾，他在大同推行的“攤丁入畝”新政，竟被一眾官員悄然遺忘，再無人提起。
或許他們都正忙著撇清乾係，全力自保罷了。
但無論原因為何，此舉終究讓朱由校省了不少心力。
耳根清淨，無人再喋喋不休，他的心情也隨之輕鬆了許多。
大批官員的落馬，致使本就人手不足的朝廷，驟然出現了諸多職位空缺。
尤以五品以下的朝臣為甚，幾乎寥寥無幾，六科給事中加起來竟僅剩五人。
朱由校順勢借此契機，開始將皇明學院與北直隸學堂中的貢生學子，陸續安排進入朝堂任職。
隨後，便著手推進製度改革。
羽林軍下屬的後勤司與參謀司，正式升格為朝廷衙門，不再僅僅是軍隊內部編製。
同時設立軍部，與六部並列，獨立建製，直接對皇帝負責。
相關規章及軍權劃分亦極為明晰。
兵部原有的兵權被徹底剝離，自此之後，再無統轄軍隊之權，包括武舉選拔與練兵事務皆被收回。
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其職能基本回歸洪武年間的舊製，僅保留核實軍功、擬定軍隊增減計劃之權。
其餘權力悉數劃歸軍部，且軍部官員不再由文官充任，改由屢立戰功、穩重老成的武將擔任。
並仿照漢代重號將軍之製，凡在軍部任職者，皆授新增的前、後、左、右將軍印信。
官秩定為正二品，與六部尚書相較，在職責與地位上完全對等。
恰設四員，地位相衡，權力均等，避免重演內閣首輔、次輔之爭，導致一人獨攬大權的局麵。
當然，他們亦不掌握實際兵權，職能類比內閣，專責協助皇帝處理軍政與國防要務。
形同皇帝的軍事顧問，僅有參議之權，而無決斷之實。
參謀司與後勤司亦一並劃入軍部管轄。
戶部撥付的軍費糧餉，直接對接後勤司，不再經由兵部之手，從而在製度上最大限度遏製貪腐之弊。
更為關鍵的是，文官與武將之間的關係，自此不再是上下隸屬，而是趨於平等。
無論邊軍，還是早已名存實亡的五軍都督府，皆直接受軍部節製。
眾所周知，一向自視清高的文人士大夫，素來輕視武將。
朱由校此舉，正是擔憂武將在外征戰，卻因文官掣肘而得不到後勤保障。
曆史上軍隊被文官借職權或名義克扣壓製之事，曆朝皆有發生。
至於武將的升遷與調遣，則須軍部與兵部共同議定方可生效，此乃朱由校有意為之的製衡之策。
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