永元元年己卯年，公元499年）
春季，正月初一戊寅日），朝廷宣布大赦天下，更改年號為永元。
太尉陳顯達統領平北將軍崔慧景等人的四萬大軍進攻北魏，想要收複雍州各郡；正月初六癸未日），北魏派遣前將軍元英率軍抵抗。
正月初八乙酉日），北魏孝文帝從鄴城出發返回洛陽。
正月十四辛卯日），南齊皇帝蕭寶卷到南郊祭祀天神。
正月二十一戊戌日），孝文帝抵達洛陽，途中經過李衝的府第。當時李衝正臥病在床，孝文帝遠遠望見他的府門，不禁落淚；接見洛陽留守官員時，每當談到李衝，孝文帝總會流下眼淚。
孝文帝對任城王元澄說：“我離開京城以來，舊的習俗有沒有稍微改變？”元澄回答：“陛下的教化讓京城日益更新。”孝文帝說：“我進城時，還看見車上的婦人仍戴著帽子、穿著小襖這是北魏舊俗服飾），怎能說‘日益更新’！”元澄辯解：“穿舊服飾的人少，不穿的人多。”孝文帝斥責道：“任城王，你這說的是什麼話！難道非要讓全城人都不穿舊服飾才算嗎！”元澄和留守官員都脫下官帽請罪。
正月二十七甲辰日），北魏宣布大赦。此前孝文帝前往鄴城時，李彪曾在鄴城南郊迎接拜見，並為過去的過錯請罪。孝文帝當時說：“我本想任用你，但因李仆射李衝）的緣故才作罷。”隨後安慰了李彪，讓他回去。不久，禦史台令史龍文觀告發：“太子元恂被逮捕時，曾親手寫信為自己申辯，李彪卻沒有把這封信上報。”尚書省上奏請求將李彪押解到洛陽審問。孝文帝認為李彪不會這麼做，便讓李彪坐著牛車未經捆綁）前往洛陽，恰逢大赦，李彪得以赦免罪責。
北魏太保、齊郡靈王元簡去世。
二月初五辛亥日），北魏任命鹹陽王元禧為太尉。
孝文帝連年在外征戰，馮皇後幽皇後）暗中與宦官高菩薩私通。等到孝文帝在懸瓠病重時，馮皇後更加毫無顧忌，中常侍雙蒙等人成為她的心腹。
彭城公主是宋王劉昶的兒媳，此時已守寡。馮皇後想讓自己的同母弟弟北平公馮夙娶彭城公主，孝文帝同意了這門婚事；但彭城公主不願意，馮皇後卻強迫她出嫁。彭城公主秘密帶著家仆冒雨前往懸瓠，向孝文帝哭訴此事，還詳細揭發了馮皇後的所作所為。孝文帝心中懷疑，卻暫時隱瞞了這件事。馮皇後得知後，才開始害怕，暗中與母親常氏讓女巫搞“厭禱”一種詛咒他人的巫術），並對女巫說：“如果皇帝的病治不好，我一旦能像文明太後那樣輔佐年幼的君主臨朝執政，一定會重賞你，讓你享儘富貴。”
孝文帝返回洛陽後，立即逮捕了高菩薩、雙蒙等人，經過審問，他們全部招供。孝文帝在含溫室過夜時，召馮皇後入宮，讓她坐在東邊的柱子旁，距離自己的床榻有兩丈多遠，命令高菩薩等人當麵陳述與馮皇後的私情。隨後又召彭城王元勰、北海王元詳入宮，對他們說：“她過去是你們的嫂子，現在是與你們無關的路人，你們進來不用回避她！”又說：“這個女人想親手用刀刺我的肋部！我看在她是文明太後家族女子的份上，沒有廢黜她，隻是把她空置於宮中，希望她能自己了斷；你們不要以為我對她還有情意。”元勰、元詳退出後，孝文帝讓馮皇後與他們訣彆；馮皇後跪拜磕頭，流淚不止，之後被送入後宮居住。其他妃嬪仍然按照皇後的禮儀侍奉她，隻是下令太子不再向她朝拜而已。
起初，馮熙文明太後的哥哥）娶了恭宗北魏景穆帝拓跋晃，孝文帝祖父）的女兒博陵長公主。馮熙有三個女兒，兩個成為皇後馮廢後、馮幽後），一個成為左昭儀，因此馮氏家族的尊貴與寵信在群臣中無人能及，獲得的賞賜累計達數萬之多。博陵長公主生下兩個兒子：馮誕、馮修。馮熙官至太保，馮誕官至司徒，馮修任侍中、尚書，馮熙的庶子馮聿任黃門郎。黃門侍郎崔光與馮聿一同在宮中當值，曾對馮聿說：“你家富貴到了極點，最終一定會衰敗。”馮聿反駁：“我家從未做過虧心事，你為什麼要毫無根據地詛咒我！”崔光說：“不是我詛咒你。事物發展到極致就一定會走向衰敗，這是天地間的常理。如果用古代的事例推算，你家不能不謹慎啊。”過了一年多，馮修就出事了。馮修性格浮躁好勝，馮誕多次告誡他，他卻不知悔改，馮誕隻好向文明太後和孝文帝報告，孝文帝下令杖打馮修。馮修因此怨恨馮誕，就找毒藥，讓馮誕身邊的人毒殺馮誕。事情敗露後，孝文帝想處死馮修，馮誕卻主動承擔責任，懇切請求饒馮修一命。孝文帝也考慮到馮熙年老，隻杖打了馮修一百多下，將他貶為平城的普通百姓。後來馮誕、馮熙相繼去世，不久馮皇後被廢黜，馮聿也被朝廷棄用，馮氏家族就此衰敗。
二月十七癸亥日），北魏任命彭城王元勰為司徒。
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陳顯達與北魏元英交戰，多次擊敗元英的軍隊。陳顯達圍攻馬圈城四十天，城中糧食耗儘，守軍隻能吃死人肉和樹皮。二月二十七癸酉日），北魏守軍突圍逃跑，陳顯達的軍隊斬殺、俘虜了上千人。陳顯達進入馬圈城後，將士們爭相搶奪城中的絹帛，沒有追擊逃跑的魏軍。陳顯達又派遣軍主莊丘黑進攻南鄉，成功攻克。
孝文帝對任城王元澄說：“陳顯達侵擾我國邊境，我如果不親自出征，就無法製服他。”三月初四庚辰日），孝文帝從洛陽出發，命令於烈留守洛陽，任命右衛將軍宋弁兼任祠部尚書，代理“七兵事”掌管軍事的官職），輔佐於烈。宋弁處理政務精細勤勉，孝文帝對他的恩寵禮遇僅次於李衝。
三月初七癸未日），孝文帝抵達梁城。崔慧景正在進攻北魏的順陽，順陽太守、清河人張烈堅守城池；三月初八甲申日），孝文帝派遣振威將軍慕容平城率領五千騎兵前去救援順陽。
自從孝文帝生病以來，彭城王元勰一直留在宮中侍奉他服藥治病，晝夜不離左右，孝文帝的飲食他一定先嘗過再端給孝文帝，自己則頭發散亂、滿臉汙垢，連衣服都不脫就睡覺。孝文帝因長期生病，性情變得暴躁易怒，身邊侍從稍有不慎，動輒就會被下令處死。元勰總是順著孝文帝的心意，尋找合適的時機勸諫，挽救了很多人的性命。
三月初十丙戌日），孝文帝任命元勰為使持節、都督中外諸軍事掌管全國軍隊）。元勰推辭說：“我侍奉陛下治病都忙不過來，怎能再治理軍隊！希望陛下另選一位親王，讓他總管軍事，我才能專心照料陛下的病情。”孝文帝說：“侍奉我治病、治理軍隊，都要依靠你。我的病已經到了這個地步，很擔心活不了多久；安定全軍、保住國家，除了你還能有誰！你怎麼能再請彆人接替，違背我托付的心意呢！”
三月二十一丁酉日），孝文帝抵達馬圈城，命令荊州刺史、廣陽王元嘉扼守均口，阻斷南齊軍隊的退路。元嘉是元建的兒子。
陳顯達率領軍隊渡過均水向西進軍，占據鷹子山修築營壘；軍中士兵情緒沮喪、心懷恐懼，與魏軍交戰，多次戰敗。北魏武衛將軍元嵩摘下頭盔衝鋒陷陣，將士們緊隨其後，南齊軍隊大敗。元嵩是元澄的弟弟。
三月二十二戊戌日）夜裡，軍主崔恭祖、胡鬆用黑色布幔裹住陳顯達，幾個人抬著他，從小路經分磧山逃出均水口，向南撤退。三月二十三己亥日），魏軍繳獲了陳顯達軍隊的物資，數量以億計算，孝文帝將這些物資分賞給將士，又追擊南齊軍隊到漢水才返回。南齊左軍將軍張千戰死，士兵死亡的有三萬多人。
陳顯達北伐時，軍隊曾進入汋均口。廣平人馮道根勸陳顯達說：“汋均水水流湍急，軍隊前進容易、後退困難；如果北魏軍隊守住險要關口，我們的軍隊就會首尾受困。不如把船隻全部丟棄在酂城，從陸路徒步前進，讓各營依次排列，大張旗鼓地進軍，一定能打敗魏軍。”陳顯達沒有聽從。馮道根帶著自己的家丁隨軍出征，等到陳顯達夜裡撤退時，士兵們不熟悉山路，馮道根每次走到險要之處，就停下馬為大家指明道路，眾人依靠他才得以保全性命。朝廷下詔任命馮道根為汋均口戍副。陳顯達一向有威名，經過這次戰敗，威名大損。禦史中丞範岫上奏請求罷免陳顯達的官職，陳顯達也自己上表請求辭職；朝廷都沒有同意，反而任命陳顯達為江州刺史。崔慧景也放棄順陽，撤兵返回南齊。
三月二十四庚子日），孝文帝病情加重，決定向北返回洛陽，到達穀塘原時，對司徒元勰說：“後宮的馮皇後長期違背婦德，我死後，可以賜她自儘，用皇後的禮儀安葬她，這樣或許能避免馮氏家族的醜名傳開。”又說：“我的病越來越重，恐怕一定治不好了。雖然打敗了陳顯達，但天下還沒有平定，太子年幼弱小，國家的安危全靠你了。過去霍子孟霍光）、諸葛孔明諸葛亮）以異姓的身份接受先帝托孤，何況你是我的親弟弟，又賢明能乾，怎能不努力承擔這份重任！”元勰流淚說：“平民百姓，尚且能為知己獻出生命；何況我依托先帝的神靈，蒙受陛下的恩寵！但我作為陛下的至親，長期參與朝廷機密事務，得到的寵信和榮耀顯赫，天下沒有人能比得上；我之所以敢接受重任而不推辭，正是依仗陛下像日月一樣光明，能寬恕我不知退讓的過錯。現在又任命我為首席大臣，總掌朝政大權；這樣會讓我因‘功高震主’而招致災禍，這是必然的。過去周公是聖人，周成王也是英明的君主，周公尚且難免被懷疑，何況我呢！如果這樣安排，陛下對我的愛護，就不能算是有始有終了。”孝文帝沉默了很久，說：“仔細想想你的話，確實有道理，我無法反駁。”於是親手寫下詔書給太子：“你的叔父元勰，品行高潔，如同白雲一樣純淨；他厭惡榮華富貴，把鬆竹的堅貞作為人生追求。我從小就與他親密相處，不忍心與他分離。我去世後，準許元勰辭去官職，放棄爵位，滿足他淡泊退讓的本性。”孝文帝又任命侍中、護軍將軍北海王元詳為司空，鎮南將軍王肅為尚書令，鎮南大將軍廣陽王元嘉為左仆射，尚書宋弁為吏部尚書，讓他們與侍中、太尉元禧，尚書右仆射元澄等六人共同輔佐朝政。
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夏季，四月初一丙午日），北魏孝文帝在穀塘原去世。孝文帝對各位弟弟十分友愛，始終沒有隔閡。他曾從容地對鹹陽王元禧等人說：“我死後，如果子孫後代偶遇不成器的君主，你們可以觀察情況，能輔佐就輔佐，不能輔佐就取而代之，不要讓江山被外人奪走。”孝文帝親近任用賢能之人，聽從正確意見如同水流向低處一樣自然，處理政務精細勤勉，從早到晚不知疲倦。他常說：“君主最擔心的是不能做到內心公平、對事物秉持誠意。若能做到這兩點，即便是像胡、越那樣疏遠的人，也能變得像兄弟一樣親近。”他執法雖嚴厲，對大臣的過錯絕不寬容，但對人犯下的小過失，往往會寬恕。曾在飯中發現蟲子，又有侍從進獻肉湯時不小心燙傷他的手，他都笑著赦免了相關的人。祭祀天地五郊、宗廟二分春祭、秋祭），他從未不親自到場主持禮儀。每次外出巡遊或領兵出征，官員上奏請求修整道路，他總說：“粗略修補橋梁，能通車馬就行，不用鏟除草皮把路麵修得太平整。”在淮南領兵時，如同在本國境內一樣，嚴禁士兵踩踏損壞粟稻；有時砍伐百姓的樹木供給軍用，都會留下絹帛作為賠償。宮室不到萬不得已不修建，衣服穿破了，洗乾淨再繼續穿，馬鞍、馬勒隻用鐵木製作而已。孝文帝年幼時力氣大且擅長射箭，能用手指彈碎羊骨，射獵禽獸沒有射不中的；到十五歲時，就不再打獵了。他常對史官說：“時事不能不如實記載。君主掌握賞罰大權，沒人能製約他；如果史書再不記錄他的惡行，那君主還有什麼可畏懼忌憚的呢！”
彭城王元勰與任城王元澄商議，因陳顯達撤退還沒走遠，擔心他回頭突襲，於是決定隱瞞孝文帝去世的消息，把孝文帝的遺體移到可躺臥的車輿中，隻有他們二人和身邊幾個侍從知道實情。元勰出入時神色和往常一樣，侍奉飲食、進獻藥物、處理外麵的奏章，都和平日沒有區彆。幾天後，隊伍抵達宛城，夜裡把臥輿抬到郡府廳堂，趁機為孝文帝收殮入棺，再把棺木放回臥輿內，外麵沒人知曉這件事。元勰派遣中書舍人張儒奉詔書征召太子；又秘密把孝文帝去世的消息告知留守洛陽的於烈。於烈安排留守與隨行人員的事務，舉止毫無異常。太子抵達魯陽，遇到載有孝文帝棺木的車輿，才正式發布喪事消息；四月十二丁巳日），太子即位，宣布大赦天下。
彭城王元勰跪著向新帝北魏世宗）呈交孝文帝的幾份遺詔。東宮的官員大多懷疑元勰有謀反之心，暗中防備他，而元勰秉持誠意、恪守禮儀，最終沒有讓對方找到可乘之機。鹹陽王元禧抵達魯陽，先留在城外觀察局勢變化，過了很久才進城，對元勰說：“你這次處理喪事，不僅辛苦，實在也很危險。”元勰說：“兄長年紀大、見識深，所以知道其中有危險；我當時像手握毒蛇、騎著猛虎一樣身處險境卻無暇顧及），沒覺得艱難。”元禧說：“你是埋怨我來得晚了吧。”
元勰等人依據孝文帝的遺詔，下令賜馮皇後自儘。北海王元詳派長秋卿白整進宮給馮皇後送毒藥，馮皇後邊跑邊哭喊，不肯喝毒藥，說：“皇上怎麼會有這樣的命令，這是各位親王要殺我啊！”白整上前按住她，強迫她喝下毒藥，馮皇後隨即死去。馮皇後的靈柩運到洛陽城南，鹹陽王元禧等人確認她確實已死，對視著說：“就算沒有先帝遺詔，我們兄弟也該決定除掉她；怎能讓品行不端的婦人掌控天下、殺害我們呢！”朝廷給馮皇後定諡號為“幽皇後”。
五月十八癸亥日），南齊朝廷加封撫軍大將軍始安王蕭遙光為開府儀同三司。
五月二十一日丙申日，此處日期或為史料記載誤差，需結合上下文核對），北魏將孝文帝安葬在長陵，定廟號為“高祖”。
北魏世宗宣武帝）想任命彭城王元勰為宰相；元勰多次陳述孝文帝的遺旨，請求滿足自己淡泊退隱的心願，世宗對著他悲痛大哭。元勰不斷懇切請求，世宗最終任命他為使持節、侍中、都督冀、定等七州諸軍事、驃騎大將軍、開府儀同三司、定州刺史。元勰仍堅決推辭，世宗不準許，他才前往定州任職。
北魏任城王元澄因王肅是外來歸附之人，職位卻在自己之上，內心很不服氣。恰逢南齊投降北魏的嚴叔懋告發王肅圖謀逃回江南，元澄立即拘禁了王肅，並上奏聲稱王肅謀反；但經過核查，沒有找到謀反的證據。鹹陽王元禧等人上奏彈劾元澄擅自拘禁宰相，元澄被免去官職，回到府第居住，不久後被外放為雍州刺史。
六月二十四戊辰日），北魏追尊世宗的生母高氏為“文昭皇後”，將她的牌位供奉在高祖孝文帝）的宗廟中配享祭祀，同時擴建高氏的舊墓，命名為“終寧陵”。追賜高氏的父親高颺勃海公爵位，定諡號為“敬”，讓高颺的嫡孫高猛繼承爵位；封高氏的哥哥高肇為平原公，弟弟高顯為澄城公；三人在同一天接受封爵。世宗一直沒見過幾位舅舅，這時才賜給他們衣服、頭巾並召見，幾人都因緊張而不知所措；短短幾天內，他們就變得富貴顯赫。