垂拱三年丁亥公元687年）
春，閏正月丁卯日，朝廷冊封皇子李成美為恒王，李隆基為楚王，李隆範為衛王，李隆業為趙王。
二月丙辰日，突厥首領骨篤祿等人侵犯昌平，朝廷任命左鷹揚大將軍黑齒常之率領各路軍隊討伐他們。
三月乙醜日，納言韋思謙以太中大夫的官職退休。
夏四月，朝廷命令蘇良嗣留守西京長安。當時尚方監裴匪躬負責管理京郊園林，打算售賣園中的蔬菜水果來獲利。蘇良嗣說：“從前公儀休擔任魯國宰相，還能拔掉自家菜園的葵菜、趕走織布的妻子，從沒聽說過天子售賣蔬菜水果的。”於是裴匪躬的計劃作罷。
壬戌日，裴居道擔任納言。五月丙寅日，夏官侍郎京兆人張光輔升任鳳閣侍郎、同平章事。
鳳閣侍郎、同鳳閣鸞台三品劉禕之私下對鳳閣舍人永年人賈大隱說：“太後已經廢黜昏君、擁立明君，何必還要臨朝聽政、行使皇帝權力！不如歸還政權，來安定天下人心。”賈大隱秘密向太後上奏了這番話，太後很不高興，對身邊人說：“劉禕之是我提拔的，竟然背叛我！”有人誣告劉禕之接受歸誠州都督孫萬榮的金銀，還和許敬宗的妾有私情，太後命令肅州刺史王本立審理此案。王本立向劉禕之出示太後的敕令，劉禕之說：“不經過鳳閣、鸞台審核簽發，怎麼能叫敕令！”太後大怒，認為他抗拒朝廷使者；庚午日，賜劉禕之在家中自儘。劉禕之剛入獄時，唐睿宗為他上疏申辯，親友們都向他道賀，劉禕之說：“這正是加速我死亡的原因啊。”臨刑前，他沐浴更衣，神色鎮定自如，親自起草謝恩表，很快就寫了好幾張紙。麟台郎郭翰、太子文學周思均稱讚他的文章。太後聽說後，將郭翰降職為巫州司法參軍，周思均降職為播州司倉參軍。
秋七月壬辰日，魏玄同代理納言一職。
嶺南的俚族百姓過去隻繳納一半賦稅，交趾都護劉延佑強迫他們繳納全額賦稅，俚族百姓不從，劉延佑誅殺了他們的首領。首領的同黨李思慎等人發動叛亂，攻破安南府城，殺死了劉延佑。桂州司馬曹玄靜率領軍隊討伐李思慎等人，將他們斬殺。
突厥首領骨篤祿、元珍侵犯朔州；朝廷派遣燕然道大總管黑齒常之率軍迎擊，任命右鷹揚大將軍李多祚為副將，在黃花堆大敗突厥軍隊，追擊四十多裡，突厥人全都逃散到沙漠以北。李多祚世代擔任靺鞨酋長，憑借軍功得以進入宮中擔任警衛。黑齒常之每次得到賞賜，都會分給將士們；他有一匹好馬被士兵損傷，下屬請求鞭打那個士兵，黑齒常之說：“怎麼能因為私人的馬而鞭打朝廷的士兵呢！”最終沒有追究。
九月己卯日，虢州人楊初成謊稱自己是郎將，偽造皇帝詔令在集市上招募人手，準備到房州迎接廬陵王李顯；事情敗露後，被處死。
冬十月庚子日，右監門衛中郎將爨寶璧與突厥首領骨篤祿、元珍交戰，全軍覆沒，爨寶璧單人匹馬逃回。
爨寶璧見黑齒常之立下戰功，便上表請求乘勝追擊殘餘的敵人。朝廷下詔讓他與黑齒常之商議，從遠方進行聲援。爨寶璧想獨占功勞，不等黑齒常之，率領一萬三千名精兵先行出發，出塞兩千多裡，偷襲突厥部落；到達目的地後，又先派人通報突厥人，讓他們得以嚴密防備，雙方交戰，爨寶璧最終戰敗。太後誅殺了爨寶璧；將骨篤祿改名為“不卒祿”。
朝廷命令魏玄同留守西京長安。
武承嗣又派人誣告李孝逸自稱“名字裡有‘兔’，兔是月亮中的生物，應當有天子的名分”。太後因為李孝逸有功勞，十一月戊寅日，減免他的死罪，撤銷官職和爵位，流放儋州，李孝逸最終死在那裡。
太後打算派遣韋待價率軍攻打吐蕃，鳳閣侍郎韋方質上奏，請求按照舊製派遣禦史監督軍隊。太後說：“古代賢明的君主派遣將領，將京城之外的軍事事務全部委托給將領。近來聽說禦史監督軍隊，軍中大小事務都要向禦史稟報。以下級節製上級，這不符合典章製度；況且這樣又怎能要求將領立下戰功呢！”於是廢除了禦史監軍的製度。
這一年，天下發生大饑荒，山東、關內地區尤為嚴重。
垂拱四年戊子公元688年）
春正月甲子日，朝廷在神都洛陽建立唐高祖、唐太宗、唐高宗三座宗廟，春夏秋冬四季的祭祀禮儀和西京長安的宗廟相同。又建立崇先廟，用來祭祀武氏的祖先。太後命令有關部門商議崇先廟的殿室數量，司禮博士周悰請求設七間殿室，還建議將唐朝太廟的殿室減為五間。春官侍郎賈大隱上奏說：“按照禮儀，天子設立七座宗廟，諸侯設立五座宗廟，這是曆代帝王不變的規矩。如今周悰引用沒有根據的議論，違背經典記載，隻是為了抬高太後臨朝聽政的權宜禮儀，不遵守國家的常規製度。皇太後親自接受先帝的托付，弘揚偉大的謀劃，崇先廟的殿室數量應當按照諸侯的標準，國家的太廟不應該隨意變更。”太後於是作罷。
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唐太宗、唐高宗時期，多次打算建造明堂，儒生們討論明堂的形製規格，始終沒有定論，此事便擱置了。到太後臨朝聽政時，獨自與北門學士商議明堂的形製，不征求儒生們的意見。儒生們認為明堂應當建在國都南郊的丙己方位，距離皇宮三裡之外、七裡之內。太後認為這個位置離皇宮太遠。二月庚午日，朝廷拆毀乾元殿，在原址建造明堂，任命僧人懷義為工程總管，總共征調了數萬名役工。
夏四月戊戌日，朝廷處死太子通事舍人郝象賢。郝象賢是郝處俊的孫子。
起初，太後對郝處俊心懷怨恨，恰逢郝象賢的家奴誣告他謀反，太後命令周興審理此案，最終判定郝象賢滅族之罪。郝象賢的家人前往朝堂，向監察禦史樂安人任玄殖申訴冤情。任玄殖上奏說郝象賢沒有謀反的跡象，因此被免職。郝象賢臨刑前，大聲辱罵太後，揭露宮中的隱秘醜聞，還搶奪街上百姓的柴火擊打行刑的人；金吾衛士兵一起上前將他打死。太後命令將他的屍體肢解，挖開他父親、祖父的墳墓，毀壞棺材、焚燒屍體。從此以後，直到太後統治結束，法官每次處決犯人，都會先用木丸塞住犯人的嘴。
武承嗣派人在白色石頭上刻字：“聖母臨人，永昌帝業。”用紫石粉末混合藥物填充在刻字的縫隙中。庚午日，派雍州人唐同泰捧著奏表獻上這塊石頭，聲稱是在洛水中得到的。太後非常高興，將這塊石頭命名為“寶圖”，提拔唐同泰為遊擊將軍。五月戊辰日，太後下詔，將親自前往洛水祭拜，接受“寶圖”；在南郊舉行祭祀大典，先祭拜昊天上帝；禮儀結束後，前往明堂，接受群臣朝見。命令各州都督、刺史以及宗室成員、外戚在祭拜洛水的前十天聚集到神都洛陽。乙亥日，太後加尊號為“聖母神皇”。
六月丁亥朔日，發生日食。
壬寅日，朝廷製作了神皇的三枚玉璽。
東陽大長公主被削減封邑，和她的兩個兒子一起被遷徙到巫州。東陽大長公主品行端正，太後因為她是高氏的人，所以厭惡她。
河南道巡撫大使、冬官侍郎狄仁傑因為吳、楚地區有很多不合禮製的祭祀廟宇，上奏朝廷焚燒了其中的一千七百多所，隻保留了夏禹、吳太伯、季劄、伍員四座祠堂。
秋七月丁巳日，朝廷大赦天下。將“寶圖”改名為“天授聖圖”；洛水改名為永昌洛水，冊封洛水之神為顯聖侯，加授特進官銜，禁止在洛水中捕魚垂釣，祭祀禮儀等同於長江、黃河、淮河、濟水四瀆。將發現“天授聖圖”的地方命名為“聖圖泉”，在泉邊設置永昌縣。又將嵩山改名為神嶽，冊封嵩山之神為天中王，授予太師、使持節、神嶽大都督的稱號，禁止在山上放牧。又因為之前在汜水得到祥瑞石頭，將汜水改名為廣武。
太後暗中謀劃取代李唐王朝，逐漸鏟除宗室成員。絳州刺史韓王李元嘉、青州刺史霍王李元軌等人內心不安，暗中有恢複李氏王朝的誌向。
李譶故意寫信給李貞說：“內人病情越來越重，應當儘快治療，如果拖延到今年冬天，恐怕會變成頑疾。”等到太後召集宗室成員前往明堂朝見，諸王相互驚擾說：“神皇打算在祭祀大典的時候，讓人告密，將宗室成員全部逮捕，斬儘殺絕。”李譶偽造皇帝的璽書給李衝說：“我被幽禁起來，諸王應當各自發兵救我。”李衝又偽造皇帝的璽書說：“神皇打算奪取李氏的天下，交給武氏。”八月壬寅日，李衝召集長史蕭德琮等人，命令他們招募士兵，分彆告知韓王、霍王、魯王、越王以及貝州刺史紀王李慎，讓他們各自起兵，一同進軍神都洛陽。太後聽說後，任命左金吾將軍丘神積為清平道行軍大總管，率軍討伐李衝。
李衝招募到五千多名士兵，打算渡過黃河奪取濟州；先攻打武水縣，武水縣令郭務悌前往魏州求救。莘縣縣令馬玄素率領一千七百名士兵在中途截擊李衝，又擔心兵力不足，於是進入武水縣，關閉城門堅守。李衝推來草車堵塞武水城南門，趁著風勢放火焚燒城門，想乘火勢衝入城中；但火起後風向反轉，李衝的軍隊無法前進，士氣因此低落。堂邑人董玄寂跟隨李衝率軍攻打武水，對彆人說：“琅邪王與朝廷交戰，這就是謀反啊。”李衝聽說後，將董玄寂斬首示眾，士兵們感到恐懼，紛紛逃入草叢沼澤，無法阻止，隻剩下李衝的家仆和身邊幾十人。李衝逃回博州，戊申日，到達城門時，被守門人殺死，起兵總共七天就失敗了。丘神積到達博州後，當地官吏穿著白色喪服出城迎接，丘神積揮刀將他們全部殺死，總共攻破了一千多家。
越王李貞聽說李衝起兵，也在豫州起兵，派兵攻陷上蔡縣。九月丙辰日，太後任命左豹韜大將軍麴崇裕為中軍大總管，岑長倩為後軍大總管，率領十萬軍隊討伐李貞，又任命張光輔為各路軍隊的節度使。朝廷削除李貞、李衝在宗室名冊中的名字，將他們的姓氏改為“虺”。李貞聽說李衝戰敗，打算捆綁自己前往京城請罪，恰逢他任命的新蔡縣令傅延慶招募到兩千多名勇士，李貞於是向眾人宣稱：“琅邪王已經攻破魏、相等幾個州，擁有二十萬軍隊，很快就會到達這裡。”他征調下屬各縣的士兵，總共得到五千人，分為五個營寨，派汝陽縣丞裴守德等人率領，任命了五百多名九品以上的官員。這些被任命的官員都是被迫的，沒有鬥誌，隻有裴守德和他同謀，李貞將女兒嫁給裴守德，任命他為大將軍，把他當作心腹。李貞讓道士和僧人誦經祈禱起兵成功，身邊的人以及士兵都佩戴避兵符。麴崇裕等人的軍隊到達豫州城東四十裡的地方，李貞派小兒子李規和裴守德率軍抵抗，結果軍隊潰敗而回。李貞非常害怕，關閉府門堅守。麴崇裕等人抵達城下，身邊的人對李貞說：“大王怎麼能坐著等待被殺受辱呢！”李貞、李規、裴守德以及他們的妻子都自殺了。李貞和李衝的頭顱都被懸掛在東都洛陽的宮門前示眾。
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起初，範陽王李藹派使者對李貞和李衝說：“如果天下諸王同時起兵，事情沒有不成功的。”諸王相互約定結盟，但還沒等商議妥當，李衝就率先起兵，隻有李貞倉促響應，其他諸王都不敢發動，因此失敗。
李貞將要起兵時，派使者告知壽州刺史趙環，趙環的妻子常樂公主對使者說：“替我轉告越王：從前隋文帝打算篡奪北周的天下，尉遲迥是北周的外甥，尚且能起兵匡救北周。雖然沒有成功，但威震天下，足以成為忠烈之士。何況你們諸王都是先帝的兒子，怎能不把國家放在心上！如今李氏王朝危在旦夕，你們諸王不舍生取義，還猶豫不決、不敢起兵，想要等到什麼時候呢！災禍就要降臨了，大丈夫應當做忠義之鬼，不要白白死去。”
李貞戰敗後，太後打算將韓王、魯王等諸王全部誅殺，命令監察禦史藍田人蘇珦審理他們的秘密謀反案件。蘇珦經過審訊，沒有找到確鑿的證據，有人誣告蘇珦與韓王、魯王勾結，太後召見蘇珦責問，蘇珦直言爭辯，毫不退縮。太後說：“你是品行高尚的人，我會另有任用，這個案件不用你審理了。”於是命令蘇珦前往河西擔任監軍，改派周興等人審理此案。隨後，朝廷在東都洛陽逮捕了韓王李元嘉、魯王李靈夔、黃公李譶、常樂公主，強迫他們全部自殺，他們的親信黨羽也都被誅殺。
朝廷任命文昌左丞狄仁傑為豫州刺史。當時正在懲治越王李貞的黨羽，應當連坐定罪的有六七百家，被登記沒收家產的有五千人，司刑寺催促儘快執行刑罰。狄仁傑秘密上奏說：“他們都是被牽連的無辜之人，我想公開上奏，又像是在為叛逆者申辯；明知實情卻不稟報，又恐怕違背陛下仁愛憐憫的旨意。”太後特意赦免了他們，將他們全部流放到豐州。這些人路過寧州時，寧州的父老鄉親迎接慰勞他們說：“是我們的狄使君救了你們啊？”眾人相互攙扶著在德政碑下痛哭，設齋祭祀了三天才繼續前行。