朱載坖認為對於蒙古人，要利用好宗教這個武器，用宗教和經濟手段對於喀爾喀部、衛拉特部予以拉攏，統治，當然，軍事手段也是必不可少的，對於蒙古諸部，大明必須要展示自己強大的武力，在官軍的武力支持下推動這些政策。不過武力手段的作用相對降低，而宗教和經濟手段的作用相對上升，這點是朝廷經略蒙古的原則。
朱載坖認為，打服蒙古是第一步，武力威懾自然是需要的，但是在武力威懾之後，經濟和宗教等手段也應該立即跟上，同時加強對於這些地區的管理，朱載坖要求將辦事大臣製度化，在外邊以及藩籬屬夷地區，都要設立相應的辦事大臣，加強朝廷對於這些地方的管理，尤其是外交和邊防，是辦事大臣主要要關注的事情。
現在朝廷所設立的雲中辦事大臣，就是為了加強對於土默特部的管轄，而朱載坖所要求設立的科布多辦事大臣，則是要鞏固大明的西北邊疆，加強對於衛拉特部的管理，現在的情況是杜爾伯特部遊牧於額爾齊斯河、鄂畢河上遊和阿爾泰山西麓地區；準噶爾部遊牧於巴爾喀什湖南部、伊犁河流域；土爾扈特部遊牧於額爾齊斯河上遊、齋桑泊以南和天山北路塔爾巴哈台地區；和碩特部原遊牧於烏魯木齊一帶，現在已經北遷。
朱載坖認為，衛拉特部日後的住牧地主要是在現在土爾扈特、杜爾伯特等部的住牧地，守衛額爾齊斯河、巴爾喀什湖和阿爾泰山等地，成為大明西部和西北藩籬，同時這些蒙古人也要成為大明抵禦回教滲透的堡壘，朱載坖對於回教一向是極為防範的，現在回教在西域傳播，使得朱載坖認為必須要采取措施了，所以朱載坖準備支持格魯派，同時利用格魯派加強對於蒙古的控製，抵禦回教的滲透。
朱載坖認為，要將烏斯藏和蒙古統一經略，這樣才能夠加強朝廷對於西部邊疆的控製，之前索南加措就曾經上疏朱載坖，陳奏過現在格魯派的困境，雖然格魯派現在的發展是很快的，格魯派在烏斯藏地區得到迅速傳播，特彆是格魯派建立其所屬寺院之後，教派規模逐漸形成龐大的寺院集團，其勢力也不再局限於烏斯藏地區，而已遠及阿裡、青海等地。格魯派的急速發展引起了噶瑪噶舉派和藏巴汗的仇視，現在烏斯藏內部的鬥爭也是極為激烈的，後藏貴族支持的紅帽噶瑪派與經過巧妙策劃聯合貴族訂立聯盟的黃帽格魯派之間的對抗。
為了消滅格魯派，藏巴汗與噶瑪噶舉派聯合康區的白利土司等結成反格魯派聯盟，共同對付格魯派，使格魯派陷入極大的困境之中。所以格魯派希望大明對於格魯派予以支持，這點朱載坖是認同的，朱載坖一向支持格魯派，利用格魯派的傳播加強大明對於這些邊疆地區的控製，以護持佛法之名，行籠絡人心之實，將宗教權威與皇權結合在一起。這是朱載坖之前一直想做的。
之前索南加措在世的時候，曾經向朱載坖上疏，請求為朱載坖上尊號為文殊菩薩大皇帝，但是被朱載坖所拒絕了，主要是由於眾所周知的原因，朱載坖的父親，也就是靈霄上清統雷元陽妙一飛玄真君、九天弘教普濟生靈掌陰陽功過大道思仁紫極仙翁一陽真人元虛玄應開化伏魔忠孝帝君、天上大羅天仙紫極長生聖智昭靈統元證應玉虛總掌五雷大真人玄都境萬壽帝君由於崇信道教，對於佛教一向是采取打擊的態度。
而朱載坖即位之後，基本延續世宗皇帝的宗教政策，雖然朱載坖本人不崇信道教，但是朱載坖和天師府等的關係也是非常不錯的，皇室和道教各門派的關係也是比較融洽的，接受這一尊號，和朱載坖一貫政策是不符的，更加重要的問題就是祖製的問題。
因為當年五世噶瑪巴活佛前來南京為成祖的已故雙親還願薦福時，太祖和孝慈馬皇後分彆被尊為文殊菩薩和度母的化身。而成祖和徐皇後被尊為曼殊室利和白度母的化身。朱載坖要是接受文殊菩薩大皇帝這個尊號的話，就有些哄堂大孝了，難不成朱載坖是重八哥的轉世靈童嗎？所以朱載坖是決不可能接受文殊菩薩大皇帝這一尊號的，這一尊號隻能屬於太祖皇帝。
但是現在朱載坖顯然是要繼續支持格魯派的傳播的，所以朱載坖對於格魯派還是要予以扶持的，在和重臣們商量了之後，朱載坖決定給格魯派活佛賜號萬行且足十方最勝圓覺妙智慧善普應佑國演教如來大寶法王西天大善自在佛，領天下釋教，以大明朝廷和皇帝上諭的形勢對格魯派活佛的宗教地位予以肯定，明確肯定格魯派的地位，以朝廷的形式支持格魯派在蒙藏地區的傳播。
同時朱載坖命令禮部遣使前往土默特部對雲丹嘉措予以冊封，昭告天下，冊封其為大寶法王，成為大明朝廷所支持的蒙藏地區活佛和宗教領袖，格魯派也很快投桃報李，聯合順義王和土默特部各台吉、帕木竹巴等向朱載坖上疏，尊朱載坖為金剛手菩薩大皇帝，李皇後為多羅菩薩皇後，這次朱載坖沒有拒絕，下旨予以接受。
金剛手菩薩是藏傳佛教中的一種重要菩薩，其稱號有時會被賦予給統治者或重要人物，以顯示其擁有菩薩的功德和力量。在格魯派教義之中，金剛手菩薩的形象被用於比喻統治者的權威和保護力量，而多羅菩薩則是綠度母的稱號，因其產生於大悲觀世音菩薩之目而來，又因度母是觀世音菩薩化身的救苦求難的本尊，救濟諸難，並將諸難送至彼岸，故而得救度之名。
朱載坖通過這種辦法，加強了大明朝廷和格魯派的聯係，同時也利用格魯派加強對於蒙藏地區的控製。
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