在朱載坖接受了格魯派所上的尊號之後，朱載坖也進行了一係列的宗教活動，以加強大明皇室和格魯派的活動，首先就是繪製金剛手菩薩和鬥羅菩薩的畫像，頒賜格魯派，作為帝後支持格魯派的一個重要舉動，帝後繪像，自比菩薩等，在前代也是常有的事情，通常被認為是佞佛的一個重要表現，但是朱載坖顯然不是什麼佞佛的人，但是為了配合朝廷對於蒙藏地區的經略，朱載坖也不得不裝神弄鬼一下了。
朱載坖和李皇後都繪製了金剛手菩薩和多羅菩薩的繪像，對於兩位菩薩的畫像，朱載坖還親自過問了畫像的繪製情況，修改了原本的畫像，原本的金剛手菩薩，為一麵三臂三目，身黑藍色，頭戴五股骷髏冠，發赤上揚，須眉如火，獠牙露齒卷舌，三紅目圓睜，十分怖畏，右手施期勉印，持金剛杵，左手忿怒拳印，持金剛鉤繩當胸，以骨飾與蛇飾為莊嚴，藍緞與虎皮為裙，雙足右屈左伸，威立在蓮花日輪座上，於般若烈焰中安住。修金剛手菩薩法，有無量無邊之不可思議功德。金剛手具足威勢權力，製服諸魔外道，消滅地水火風空所生之災難，信眾一切所求，無不如願成就。
朱載坖顯然不需要這麼的恐怖的形象，被修改之後的畫像，一手持劍，一手持金剛杵，閉門端坐，以示不怒自威的形象，而李皇後的畫像則修改不大，因為多羅菩薩乃是觀世音菩薩的女性化身，尊稱救度佛母。其形象常呈綠色少女相，頭戴五佛寶冠，右手施願印持烏巴拉花，左足蜷屈於蓮花月輪，右足下垂踏蓮座，象征隨時救度眾生，具有消災延壽、破除魔障、斷生死輪回的功德，乃是慈悲之化身，坐在白色的蓮花座上，依其本誓，是觀世音菩薩因慈悲天下眾生，傷心時掉下眼淚的變化身。
帝後以本相繪圖，在大明曆史上還是不多的，但是朱載坖也為之後的皇帝劃定了紅線，皇帝和宗教的關係是利用關係，不是信仰關係，朱載坖接受尊號也罷，帝後繪像也罷，都是為了政治利益，而不是真的佞佛，皇帝隻能以“護法君主”或者是菩薩化身被承認，嚴守世俗君王不等於佛的邊界，皇帝乃是天子，不管是什麼宗教，都必須匍匐於天威之下，利用宗教達成政治目的，而不是信仰宗教，這點是極為重要的。
之前武宗皇帝的那種做法是絕不可行的，他自封大慶法王佛，以君王為法王或者佛，這是會極大的挫傷君主權威的。
在接受尊號之後，朱載坖和順義王以及格魯派的高僧們進行了商量，第一就是大明會繼續支持格魯派在蒙藏地區的傳播，同時格魯派也必須以曆代大明皇帝為尊，大明皇帝就是格魯派在世俗的護法，信奉格魯派也就必須臣服於大明皇帝，這是一體兩麵的事情。
第二就是大明承認順義王在蒙古的大汗地位，支持順義王為蒙古大汗，統一整個蒙古，同時順義王也要統帥蒙古諸部，效忠於大明，這點也是極為重要的，大明支持土默特部，就是要用土默特部來統禦蒙古諸部，同時加強對於蒙古的控製。
第三就是在對於衛拉特和喀爾喀部的問題上，不管是格魯派還是土默特部，都要積極配合大明，爭取通過外交手段解決這些問題。
朱載坖現在首先要解決的就是衛拉特部的問題，李成梁之前已經揍了和碩特部，應該是給和碩特部長了記性，但是衛拉特其餘三部還沒有挨打，所以他們對於大明不夠敬畏，尤其是瓦剌三部，他們對於大明是有些心理優勢的，還以為是正統十四年呢？
朱載坖在和吳兌、李成梁等人商量之後，決定先拿準噶爾部開刀，一來是因為準噶爾部遊牧於巴爾喀什湖南部、伊犁河流域，這裡是天山水草最豐美的地方，控製了此處，對於朝廷控製整個西域以北都是極有好處的。
二來就是準噶爾部控製天山南北，在西起巴爾喀什湖，北越阿爾泰山，東到吐魯番，西南至吹河、塔拉斯河，不僅地理位置重要，而且實力也比較強大，在和李成梁等人商量之後，朱載坖決定給準噶爾部搬搬家，讓他們到更北邊去放牧，同時也是敲山震虎，明確給瓦剌三部展示官軍的實力，要麼臣服，要麼滅亡，圖們汗反正在京師也比較孤單，朱載坖不介意給他多弄幾個鄰居的。
朱載坖密旨命令李成梁相機用兵，不必奏報，隻要抓住戰機，就要果斷出兵，而在衛拉特四部，關於怎麼應對大明的問題，各個台吉們也是爭論不休，和碩特部在土默特部使者的勸說下傾向於接受大明的條件，效仿土默特部，和大明達成封貢，但是這遭到了杜爾伯特和準噶爾兩部的堅決反對。
杜爾伯特與準噶爾同宗同源，都來源於綽羅斯部。綽羅斯便是“大元天聖可汗”也先的直屬部落。同時現在的實力也比較強大，現在杜爾伯特部征服哈薩克和吉爾吉斯，在額爾齊斯河中、上遊住牧，而且杜爾伯特的遊牧地在四衛拉特的最西方，遠離喀爾喀、土默特等部的侵擾，非常適合休養生息。
而之前杜爾伯特部的首領達賴台什於是儘量避免無謂的戰爭，著力於發展生產、繁衍部眾。在與其他三大部的關係上，他以聯姻方式緩解了各部之間的摩擦。與和碩特部首領一起迎娶了土爾扈特部首領和鄂爾勒克的姐妹為妻，這樣一來，與和碩特部成為連襟，而與土爾扈特部成為親家，再加上本身與準噶爾是堂兄弟關係，從而使衛拉特四部團結更為緊密。
他們不願向大明通貢，因為一旦接受封貢，他們就成為了順義王的屬下了，也就是瓦剌必須臣服於韃靼，這對於瓦剌三部來說現在是無法接受的。
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