伊犁河穀對於大明的重要性是不言而喻的，伊犁河穀北、東、南三麵環山，北麵有西北——東南走向的科古爾琴山、婆羅科努山；南有東北——西南走向的哈爾克他烏山和那拉提山；中部還有烏孫山、阿吾拉勒山等橫亙，使得伊犁河穀成為整個西域最濕潤的地方。
夏季豐富的降水和春季天山融雪使伊犁河穀不僅水源豐富，而且豐水時間很長。在伊犁河穀的平原地帶，河流兩岸平整的衝積平原為農業的發展提供了良好的條件，要是能夠控製伊犁河穀並且在此地屯墾的話就能夠解決西域駐軍的糧食問題，同時從伊犁河穀出發，可以直接南下，消滅西域南部的這些政權，將和田、喀什等地收入大明囊中，徹底解決西域問題，對於大明來說自然是極為重要的。
同時朱載坖在和吳兌、李成梁等人商量之後也都認為，對於衛拉特四部，大明和他們是必有一戰的，如果大明不把他們打服的話，對於日後大明在西域的管理也是極為不便的，所以必須要和衛拉特部在西域打一場，讓他們明白大明官軍的實力，才能夠保證西域的穩定，同時使得大明的軍威震懾西域，這點是非常之重要的，在朱載坖的密旨到了輪台之後，李成梁當即率兵前往瑪納斯，整頓兵馬，兵鋒直指伊犁河穀。
而衛拉特部在得知官軍開始集結之後，也開始商量起對策來了，對於他們來說，這次官軍的大舉進攻無疑是對他們的極大挑釁，他們認為衛拉特四部加起來十萬之眾，官軍太看不起他們，李成梁、麻貴等人在瑪納斯不過五萬人，而官軍的尖哨開始繼續向西查探，有窺伺烏蘇等地的想法。
烏蘇原本為和碩特部落之領地，蒙古語“庫爾喀拉烏蘇”，為“雪地黑水”之意。官軍一旦跨過烏蘇，伊犁河穀就暴露在官軍的兵鋒之下了，擋在官軍麵前的就隻有精河了，所以對於官軍的這個舉動，衛拉特四部是極為重視的，不僅僅是和碩特部的住牧地問題，更加重要的是準噶爾部的住牧地也不安全了，這點他們是很清楚的，所以準噶爾、和碩特、杜爾伯特等部準備組成聯軍對抗官軍。
而朱載坖也在進行著外交上的斡旋，朱載坖這次的主要對象是喀爾喀部，大明和喀爾喀部其實是沒有什麼直接的關係的，由於喀爾喀部居住在漠北，和大明確實是沒有什麼直接的交往，但是在俺答封貢之後，很多大明的物資通過土默特部被販賣到喀爾喀部，而現在喀爾喀部的首領阿巴岱汗則是一個篤信格魯派的人，在其倡導下，佛教迅速在外喀爾喀傳播。這點對於大明來說是很有利的。
朱載坖通過順義王和大寶法王聯絡喀爾喀部，對喀爾喀部予以招撫，希望喀爾喀部成為大明北部邊疆的藩籬，這點是非常之重要的，土默特部和喀爾喀部的關係是相對比較密切的，因為他們同出於韃靼部，韃靼在大致上等於漠南蒙古加上漠北蒙古，是蒙古核心勢力所在，絕對信仰成吉思汗，絕對響應黃金家族統治，也是曆史上“北元”的真正勢力範圍，中興之主達延汗、與明修睦的俺答汗包括現在在京師的圖們汗都是韃靼出身，這些首領之間都是親戚，如順義王和阿巴岱汗就都是達延汗的子孫，再加上阿巴岱汗現在也信奉格魯派，朱載坖認為至少是可以接觸的，同時喀爾喀部和衛拉特之間的關係也很密切，通過喀爾喀部對衛拉特部加以製衡，也是一見好事。
而在西域，李成梁已經厲兵秣馬，準備西進，衛拉特四部也在調集援軍和官軍大戰，李成梁的尖哨也已經放出去二百裡了，這次衛拉特部公推準噶爾部的首領哈喇忽剌指揮聯軍，因為他是衛拉特部中的成名已久的戰將，在抵禦喀爾喀部的戰鬥中頗有戰功，被衛拉特四部所推崇，在這種情況之下，這次的聯軍自然是由他所指揮。
衛拉特四部聯軍近八萬，浩浩蕩蕩的集結而來，李成梁當然也知道衛拉特部來勢洶洶，不過李成梁並不是怎麼擔心他們，他率軍駐守瑪納斯河，同時派遣尖哨查探蒙古人的情況，按兵不動，準備以逸待勞，李成梁對於蒙古人還是很了解的，雖然他們拚湊了八萬大軍，但是四部之間並沒有那麼團結。
和碩特部已經被官軍打怕了，肯定是不願再和官軍交戰的，而準噶爾等部兵鋒正銳，他們沒有和官軍交戰過，同時為了保衛伊犁河穀，他們肯定是要采取更加積極的態度，而且蒙古人雖然有八萬之眾，但是其中精銳不多，步騎混雜，後勤也難以維係，李成梁所部畢竟有大明傾西北數省之力的輪輸轉運，在糧秣上是要好很多的，所以李成梁決定就按兵不動，看衛拉特部怎麼應對。
衛拉特大軍在精河集結之後，商討下一步的行動，精河是原察合台汗國的屬地，成吉思汗完成西征大業，把天山南北路以及阿姆河、錫爾河之間的大片土地分封給次子察合台，精河為察合台封地。後來瓦剌西遷，奪取了精河，現在是準噶爾部的住牧地。
對於下一步的行動，四部之間的看法是不一致的，和碩特部的看法是大軍就在此地等候官軍進攻，但是顯然準噶爾部和杜爾伯特部並不是這麼想的，他們認為應該主動出擊，現在蒙古人和官軍的距離大約是六百裡，中間最重要的據點就是紮爾馬圖水也就是後世的奎屯河，準噶爾部認為，蒙古人應該進占此處，然後在查看官軍的動向，將蒙古人和官軍的距離拉近到二百裡，這樣可以更大程度的威脅官軍在瑪納斯的屯田，逼迫官軍主動出擊。
在準噶爾等部的堅持下，蒙古人繼續東行，準備進占奎屯河。
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