在收到吳兌的加急奏報之後，朱載坖立即召集內閣輔臣、軍機大臣和參謀軍務總署的相關軍官們，一道商量應該怎麼處理此事，在朱載坖進行軍事體製的改革之後，辦理軍機事務處成為了大明水陸官軍的最高統帥機關，主要負責進行戰略指揮，也就是決定和戰和在戰略方向上實施進攻與防禦的決策，就是進行所謂的決心確定的機關。
而在決心確定之後，就是要進行貫徹實施了，參謀軍務總署作為軍令機關，按照皇帝和軍機處所確定的決心，組織相關官軍各部實施戰役指揮，而各提督、總兵則是負責具體的戰術指揮，在這種體製之下，參謀軍務總署的職權就極重了，參謀軍務總署要負責具體戰役的組織，規劃和決策，直接向提督、總兵們發布命令，提督、總兵再根據參謀軍務總署的指令進行作戰。
所以朱載坖這次召見了提督參謀軍務總督李如鬆，同時還有參謀軍務總署的各司軍官們，這是大明軍事製度大規模改革之後第一次大規模的戰事，所以朱載坖也要查看這種指揮體係的優缺點，李如鬆攜帶輿圖向朱載坖加以彙報，朱載坖一向要求言之有物，不準空言，尤其是軍事方麵，各種作戰計劃必須要完備，圖上作業是大明軍官們現在的必修課。
這些年輕的軍官們正在各級參謀機關和中下級帶兵崗位中占據越來越多的比重的，朱載坖當然清楚，指揮藝術有時候確實是需要天分的，但是通過軍事學院的培訓，最少要保證大明軍官和參謀機關的下限，這點是極為重要的，大明是一個大國，在戰爭中，大國取勝的方式是少犯錯誤，也就是所謂的大國不尚奇謀，對於大明而言，官軍的指揮機關隻要能夠不犯錯誤，大明官軍就已經立足了不敗之地的，所以重要的就是提高軍事決策的下限，至於將才，那是需要實戰中錘煉摔打出來的。
李如鬆代表參謀軍務總署向朱載坖和軍機大臣、內閣輔臣們彙報參謀軍務總署的相關建議，首先就是對於戰局的分析，參謀軍務總署認為，雖然葉爾羌汗國遂行的是進攻作戰，但是本質上仍舊是防禦性質的，葉爾羌汗國的目的在於控製交河，使得西域北路的官軍不能南下，從而減輕自己的壓力，對抗從哈密來的官軍。
現在的情況並沒有改變大明和葉爾羌汗國之間的攻守關係，其次就是現在兩軍的實力對比，朝廷在交河所部署的衛所之兵有三衛，即交河衛，交河前衛，交河後衛，由於交河地處西域邊陲，所以脫產士卒的比例較高，達三成，即四千五百人，還可以動員一萬的衛所士卒和相當數量的軍餘子弟，加上駐守交河的兩協官軍，防禦兵力超過兩萬，而葉爾羌汗國傾全國之兵，所得不過七萬，雖然葉爾羌看起來是占據了兵力優勢，但是攻城並非葉爾羌軍隊的長處。
同時在火器方麵，官軍也處於絕對的優勢，交河水源充足、朝廷又在此地修建了完善的工事和大量的倉庫，儲備了大量的糧秣、裝備和彈藥，同時為了加強守備，官軍還在交河修建了堅固的工事，所以參謀軍務總署認為，現在交河的防禦是穩定的，不必過於擔心。
而對於吳兌請求戚金部加快行軍的要求，參謀軍務總署認為應當予以駁回，因為現在戚金所部剛剛從蘭州出發，準備出嘉峪關前往哈密，按照朝廷的計劃，抵達哈密之後，大軍要稍事休整，準備穿越瀚海，從哈密到交河，其間八百裡，還是沙漠戈壁，其中能夠為大軍提供水源的就是鄯善，所以現在催促官軍加快腳程，沒有任何意義。
申時行問道：“那現在參謀軍務總署如何布置軍務？”
這點確實是輔臣們和軍機大臣們所關注的問題，作為大明的軍令機關，參謀軍務總署承擔著為皇帝和軍機處提供參謀業務，同時向官軍各部隊直接下達命令的職能，對於此戰，參謀軍務總署的計劃還是非常明確的，以現有兵力，官軍是能夠守住交河的，所以參謀軍務總署認為，在一月之內，交河是沒有問題。
李成梁將朱載坖和在場的重臣們奏報了參謀軍務總署的方案，首先命令西域總督吳兌駐節輪台，加強從輪台到交河的道路防禦，尤其是各個達阪，一定要加強控製，死死守住從交河到輪台的交通線，而葉爾羌汗國從西、南兩個方向而來，官軍主要防備的是和田方向和托克遜方向。
李如鬆認為，官軍不能困守孤城，坐等葉爾羌進攻，儘管官軍遂行的是防禦任務，但是由於西域的特殊地理形勢，官軍應該采取更加主動的戰術，首先就是控製各處的交通要道，阻止葉爾羌汗國進攻，還要控製水源，給葉爾羌汗國軍隊製造困難，在西域作戰，水源是極為重要的，隻要能夠控製水源，就能夠給對方造成極大的困擾，這點是大家都很清楚的。
所以李如鬆的建議就是控製交河附近的水源，給葉爾羌汗國儘可能的製造障礙，遲滯葉爾羌汗國的進攻，最重要的就是托克遜方向的阿拉溝和阿拉溝河，這裡不僅僅是重要的水源，阿拉溝河，發源於天山一號冰川，穿越溝內和戈壁灘，最終流入東南麵的艾丁湖。河中的鵝卵石清晰可見，流水的力量強大，甚至能將駱駝般大小的巨石衝到溝口烽火台下的戈壁灘上。也是極為重要的交通要道。
阿拉溝有阿拉溝山作為屏障，其北隔阿拉溝與天格爾山相接，東北毗鄰吐魯番盆地，南接焉耆盆地，西側以烏拉斯台河、哈布奇哈河為界與額爾賓山相望，東與覺洛塔格相鄰，是從巴音布魯克到交河的要道，所以官軍必須前出，卡出阿拉溝口，儘可能的遲滯葉爾羌汗國的行動。
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