對於李如鬆的這個看法，陳於陛問道：“現在軍情瞬息萬變，參謀軍務總署就此料定，恐有未便吧？”
陳於陛的看法也是很多在場重臣們的想法，畢竟現在文書往來都是需要時間的，即便是最快的六百裡加急，最快也需要二十五天才能夠將相關情報送到京師，參謀軍務總署實際上是在一句過時的信息作出判斷，這點在戰爭中是極為要命的，李如鬆也不否認此事。
為此參謀軍務總署製定了一係列的方案，對於各種可能的情況都做了相應的判斷，但是參謀軍務總署的總方針是很確定的，就是在交河取守勢，控製交河附近的水源和交河與輪台的交通線，等到戚金所統帥的官軍馳援即可。
朱載坖很清楚，以現在官軍的信息傳遞能力，參謀軍務總署是無法作出及時指揮了，所以在組建參謀軍務總署時，朱載坖將將參謀軍務總署的指揮權限製在了戰役組織上，具體的戰術實施由各提督、總兵來完成，朱載坖問道：“現在駐守交河的是何人？”
李如鬆趕緊回複朱載坖道：“吳兌以令征西副將軍、潞國公馬棟鎮守交河。”
馬棟是馬芳長子，多年跟隨馬芳作戰，也算是大明的宿將，雖然不算什麼特彆出彩的將領，但是勝在老成可靠，經驗豐富，所以吳兌才將鎮守交河這一重任交給馬棟，朱載坖伸手，從李成梁手中取過指揮棒，在輿圖上指著交河和輪台，對重臣們說道：“軍機處以急遞命令吳兌、馬棟，吳兌專守輪台至交河道路，馬棟專守交河，若葉爾羌越過交河，則朕斬吳兌，若交河有失，朕斬馬棟，參謀軍務總署將相關情況隨急遞送馬棟、吳兌處。”
李如鬆接下就向在場的重臣們陳述了參謀軍務總署對於戰局的預判，其實參謀軍務總署就是基於一個變量進行預判的，就是交河是否在朝廷手中，如果交河在大明朝廷手中，那戚金應在在擊敗葉爾羌汗國之後，就應該兵分兩路，一路繼續西進，取庫爾勒等地，隨後進逼喀什，一路直接南下，取若羌、且末，直取和田，兩路官軍會師於喀什。
若交河失守，則應該奪回交河，然後一路西進，進占巴音布魯克草原，就糧於敵，然後繼續向西，從葉爾羌汗國領土上獲取糧食，在場的重臣們都很清楚，所謂就糧於敵視什麼意思，但是他們都都清楚，現在大軍已經出發，開弓沒有回頭箭，朝廷必須打下去，贏了自然是皆大歡喜，要是出了什麼差錯，恐怕就麻煩了。
除此之外李如鬆還提出了一些預備方案，朝廷要繼續加大口糧的生產，儘快轉運到軍前，同時命令李成梁迅速掃蕩伊犁河穀的準噶爾部落，然後揮兵南下，取道昭蘇，進兵溫宿，阿克蘇，威脅喀什以北，給葉爾羌汗國增加壓力，迫使其抽調兵力在北方，減輕交河的壓力。
朱載坖同意了參謀軍務總署的意見，命令立即以急遞的形式向所涉及的官軍各部下達指令，要求官軍各部按照參謀軍務總署的指揮行動，各總兵提督要達成參謀軍務總署所指定的目標，朱載坖還給戚金、董一元部以密旨，要求他們在保證安全的情況下提高速度，儘快馳援交河。
這是參謀軍務總署第一次籌劃這麼大規模的戰事，朱載坖在內閣輔臣們走後和軍機大臣們總結了參謀軍務總署在籌劃戰事上的得失，朱載坖認為參謀軍務總署最大的問題就是無法區分戰術和戰役，由於大明現在的領土廣大，通信無法及時，參謀軍務總署也很難及時得知戰場情況，所以朱載坖都一開始就將戰術指揮權下放給了各總兵、提督們，參謀軍務總署要做的就是戰役籌劃。
但是在實際的籌劃中，參謀軍務總署還是不可避免的傾向於戰術，朱載坖認為這是越權，戰役是根據戰略需要，在一定區域和時間內所進行的一係列戰鬥的總和。戰役是戰爭的一個局部，直接服務和受製於戰爭全局，不同程度地影響戰爭全局。它直接運用戰鬥，也為戰鬥的成敗所直接影響。
具體的戰鬥和戰術指揮，是前線大將們的事情，參謀軍務總署是戰役指揮機關，要進行的是戰役層級的籌劃，進行戰役籌劃，要全麵分析戰役中各種相關的作戰要素，充分估計到作戰進程中可能出現的各種複雜、困難情況，著眼戰略全局，對戰役全過程進行通盤構想，形成基本作戰方案。
進行戰役準備，要立足應對最複雜、最困難的情況，充分估計敵方的作戰實力、準備程度，集中使用主要作戰力量，確保有取勝的把握。調集戰役力量，編組完成任務所需的精銳軍團，並將主要力量使用於戰役的主要方向、關鍵時節，尤其是關鍵性作戰，重點打擊敵要害目標。
這是參謀軍務總署的職責，至於具體的戰術實施，不是參謀軍務總署的職權，那是前線大將們的事情，朱載坖對於李如鬆進行了申斥，認為參謀軍務總署沒有履行好自己的職能，在籌劃的戰役的時候，沒有做到料敵從寬，同時對於戰術乾預的過多了。
主要要求李如鬆重新擬定戰役計劃，以朱載坖和軍機處作出的消滅葉爾羌汗國這一戰略決心為出發點，籌劃戰役的組織實施，預先或在機動中展開兵力，形成戰役部署，對戰役編成內的兵力、兵器所做的任務區分、編組和配置，根據敵情、地形、任務和戰役類型、樣式等，建立梯隊式部署或集團式部署攻擊集團、打阻）援集團和戰役預備隊進行部署。
這些才是參謀軍務總署要做的事情，將戰役編成的各部官軍和他們的任務予以明確，各部官軍則是從參謀軍務總署領受自己的任務，在各提督、總兵的指揮下遂行自己的戰術行動，以達到參謀軍務總署所規定的戰役任務。
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