對於朱載坖的申斥，李如鬆自然是隻能垂著頭認命，朱載坖知道李如鬆自視甚高，但是這個參謀軍務總署確實是很難乾的，朱載坖對於參謀軍務總署的要求是很高的，對上要貫徹皇帝和軍機處的決心，將其變成具體的可以實施的戰役方案，對下要隨時接受官軍各部所彙報的信息、軍情等，及時作出相應的判斷，同時形成相應的方案，供軍機處和皇帝決策參考。
這次朱載坖對於參謀軍務總署的表現是極為不滿意的，參謀軍務總署過於關注戰術實施，而忽略了統籌戰役實施這一參謀軍務總署的核心職能，這是朱載坖所不能容忍的，指揮體係的建立和正常運轉是需要各司其職的，而現在參謀軍務總署顯然沒有擺正自己的地位。
朱載坖極為不悅的對李如鬆說道：“爾等為國籌謀，不是計較一兵一卒、一城一地之得失，而是統籌方麵，務求必勝的！”
所以朱載坖要求李如鬆領導參謀軍務總署重新進行謀劃，以戰役的組織實施作為主要的方向，完善戰役規劃和戰役指揮，將戰術指揮下放給前線諸將，不要再以一鎮總兵或者提督的視角看問題了，而是要在戰役層麵看問題。
朝廷在積極籌謀的時候，馬棟也已經趕赴交河，組織進行防禦了，吳兌和馬棟都很清楚，交河是現在整個西域的關鍵點，一旦有失，朱載坖是絕對不會饒恕自己的，所以務必要謹慎。
馬棟雖然是馬芳之子，但是相對平庸，用兵謹慎，這點也是吳兌用馬棟的主要原因，其父馬芳畢竟威名赫赫，在官軍中既有威望，而馬棟又相對謹慎，反正是打防禦戰，謹慎反而是好事。
馬棟到了交河之後，首先就命令放棄所有屯田，給所有的衛所軍士和軍餘發放武器，將他們武裝起來，守衛交河以及交河諸衛的堡壘，同時派出尖哨，查探葉爾羌汗國軍隊的動向，馬棟也深知水源在西域作戰的重要性，之前的交河故城之所以衛放棄，主要就是因為河流改道，現在的交河新城就位於哈爾甘孜郭勒河旁，這樣便於獲取水源。
而馬棟也對整個交河附近的水文進行了詳儘的了解，交河附近有14條主要河流，其中發源於境內的河流有9條：大河沿河、塔爾朗河、煤窯溝河、黑溝、恰勒坎河；二塘溝、柯柯亞、坎爾其；柯爾堿溝，主要發源於北部天山山區；發源於境外的河流有5條白楊河、阿拉溝、魚爾溝、烏斯通溝、祖魯木圖溝。吐魯番盆地西、北部的中高山區，是河流的主要形成區，平原區降水極少，整個交河的水源，呈現出北多南少的情況。
所以馬棟的決定就是控製河流，逼迫葉爾羌汗國不戰自退，其中重要的就是阿拉溝口，守住了阿拉溝，就保證了交河西部的安全，同時也保證輪台的安全，阿拉溝作為北部天山的險峻古道，以其險惡的地勢著稱，最窄之處僅容一車通過，真可謂“一夫當關，萬夫莫開”。而奎先達阪，作為此處山穀通道的製高點，不僅是阿拉溝溝穀水係的分水嶺，更是從西到交河的交通要道。
當年在盛唐時期，為了保證對於西域的經略，大唐的安西等都護府在阿拉溝修建了很多的戍邊堡壘，以控製這條交通要道，很多堡壘現在尚存，在夏爾溝與阿拉溝交彙處的河溝南岸，就有當年唐軍所修建的堡壘，它巧妙地坐落在小山梁上，三麵被懸崖陡壁環繞，地理位置得天獨厚，顯得尤為險要。
馬棟決定立即派遣官軍控製此地，修建堡壘，防備葉爾羌軍隊從西麵對於交河構成威脅，對對於交河的西南，馬棟則是派遣尖哨，詳加查探，因為交河相對還是一個易守難攻的據點，交河所在是天山東部的一個東西橫置的形如橄欖狀的山間盆地，四麵環山。盆地西起阿拉山溝口，東至七角井峽穀西口，東西長三百裡；北部為博格達山山麓；南抵庫魯塔格山，南北寬約一百五十裡。是一個北高南低、西寬東窄的不對稱盆地。
所以馬棟的防禦策略是卡住阿拉溝，不使葉爾羌從西麵威脅交河和輪台，而要是繞道庫爾勒，葉爾羌軍隊就要多付出六百裡的路程，這對於官軍爭取時間是極為有利的。
而在葉爾羌汗國內部怎麼進攻交河，分歧也是很大的，主要就是宗教鬥爭，也就是所謂黑山派和白山派的鬥爭，白山派的主要勢力範圍在喀什噶爾、葉爾羌、和闐、庫車、阿克蘇、英吉沙爾等地，也是葉爾羌汗國軍隊的主要來源，所以白山派的和卓們認為要從和田出發，走西南方向進攻，因為這裡地形平坦，官軍也不易設防，而黑山派則是主張走天山古道，直接從西麵進攻交河和輪台。
因為黑山派和葉爾羌王室的關係更加親近，同時也更加蒙古化，他們主要是巴音布魯克草原等地傳播，還保留了大量的遊牧傳統，兩派之間的鬥爭是極為尖銳的，這不僅僅是路線之爭，也是主導權之爭，所以黑山派和白山派是寸步不讓的，再加上葉爾羌汗國的軍隊本來就是歸屬於各貴族們的，在無法達成的統一的情況，自然就隻有分兵了。
葉爾羌汗國七萬大軍，兵分兩路，從西麵和西南兩個方向進攻交河，在西麵的主要是葉爾羌汗國內部的蒙古人，主要是原來東察合台汗國的殘餘勢力，仍舊保留了蒙古人遊牧的傳統，以騎兵為主；而在西南則是由南疆六城的畏兀兒人主要分支的乃蠻人所組成的軍隊，他們主要以步卒為主。
首先和官軍接觸的自然是從西麵而來的蒙古人，他們在夏爾溝遭遇了官軍的阻擊。
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